A Mimosa tenuiflora (Willd.) Poir. (jurema preta) pertence à flora do semiárido brasileiro. Encontra-se distribuída por oito estados do nordeste e desempenha grande contribuição econômica para a região. Apresentam adaptações ao clima seco, produz os taninos que são utilizados pela planta na defesa contra a herbívoria. A sua madeira é muito utilizada como fonte energética e, na medicina popular, o pó da casca é utilizada em tratamentos de ferimentos, queimaduras e acne. Grupos indígenas do semiárido preparam, a partir da sua casca, o vinho de jurema que possui efeitos psicoativos sendo considerada por esses grupos como planta sagrada do sertão. Devido à intensa degradação ambiental, juntamente com o processo de ocupação do nordeste brasileiro, espécies da flora como a jurema preta vem sofrendo redução populacional e, consequentemente, pode estar havendo perda da variabilidade genética da espécie. Dessa forma, o objetivo do presente estudo foi analisar a diversidade e a estrutura genética da M. tenuiflora no estado da Bahia. Para obtenção do DNA livre de compostos secundários e quantidade adequada, foi necessário otimizar um protocolo de extração de DNA para a espécie. O DNA obtido mostrou-se adequado apresentando, em média, grau de pureza (A260/A280) de 1,85, razão A260/A230 2,05 e sua a concentração de 399 ng/μl e também foi eficiente para reações de amplificação com locos ISSR, ITS e trnL. Para estimar a diversidade e estrutura genética de M. tenuiflora utilizando marcadores ISSR, foram coletadas amostras foliares em dez localidades no estado da Bahia. Foram obtidos 118 fragmentos, desse total 99 polimórficos, e variou de 5 a 15 locos por primer. O polimorfismo médio das populações foi 83,89%, e a diversidade genética (He) foi de 0,3995 e índice de Shannon (I) 0,5750. A AMOVA mostrou que 57,23% da variação está dentro das populações e 42, 23% entre as populações, o valor encontrado para o FST foi de 0,2268 indicando uma diferenciação genética entre as populações. O agrupamento formado UPGMA foi pela análise Bayesiana e APC, pelo programa PAST. Os resultados encontrados podem ser explicados devido ao processo de fragmentação da Caatinga que está diminuindo o fluxo gênico entre as populações, dispersão de pólen e síndrome de dispersão de sementes de M. tenuiflora.