A família Loliginidae é formada atualmente por dez gêneros e nove subgêneros, contendo aproximadamente 47 espécies válidas. As espécies são de porte pequeno e médio, sendo encontradas ao redor do mundo em águas quentes e temperadas. Representam um dos maiores grupos de cefalópodes explorados comercialmente pela indústria pesqueira mundial, e algumas espécies sofrem exploração intensivas em várias partes do mundo, devido à excelente qualidade da carne. Entretanto, a sistemática desta família sempre foi alvo de amplos debates devido principalmente à falta de caracteres morfológicos plausíveis para a correta discriminação das espécies dentro da família, como nos gêneros Doryteuthis e Lolliguncula. Este trabalho teve como principais objetivos, primeiramente, testar o gene nuclear 5S rDNA como marcador espécie-específico para identificação rápida e de baixo custo de algumas espécies da família Loliginidae que ocorrem ao longo da costa brasileira. Neste sentido, o marcador foi eficiente na separação de cada espécie analizada, onde as mesmas apresentaram padrões de bandas específicos e sem variação intraespecífica. Em segunda instância, realizar uma filogenia molecular da família Loliginidae, por meio do uso de marcadores mitocondriais e nucleares com o intuito de verificar as relações entre os táxons assim como a possível presença de espécies crípticas dentro da família. Os resultados obtidos apontam que, nas águas do Atlântico Sul, existem pelo menos duas espécies crípticas dentro de D. plei e D. pealei, além de possivelmente, múltiplas espécies crípticas dentro do S. lessoniana, bem como possivelmente no gênero Uroteuthis. Com base nos resultados sugeridos pela filogenia da família, com intuito de esclarecer se a separação genética entre D. plei e D. pealei dos dois hemisférios é apenas uma variação populacional ou efetivamente representam novas espécies, foram realizadas inferências filogeográficas para espécies dos dois continentes utilizando o gene mitocondrial COI. Os resultados apontam que ambas as espécies do Atlântico Sul representam efetivamente duas espécies geneticamente distintas, onde D. plei é separada por 39 mutações entre os espécimes dos dois hemisférios, enquanto D. pealeié separada por 22 mutações. Possivelmente, fatores oceanográficos como a ação da retroflexão da Corrente Norte do Brasil na região entre o Suriname e Guiana criando uma barreira à migração entre os dois hemisférios. Ainda, o período de desova dessas especies coincide com o período de intensificação da retroflexão funcionem como barreira ao fluxo gênico entre as espécies Por fim realizamos a primeira inferência filogenética com genes mitocondriais e nucleares voltada ao gênero Lolliguncula para tentar verificar se geneticamente os espécimes de L. brevis do Norte e do Sul do Atlântico são efetivamente espécies diferentes, como a morfologia parece indicar, além de verificar o posicionamento das espécies dentro da família. Os resultados apontam que as espécies dos dois hemisférios constituem espécies geneticamente distintas e irmãs, dentro do gênero. O posicionamento de L. panamensiscomo espécie mais basal dentro do gênero contradiz a classificação atualmente proposta.