A infecção do trato genital pelo papilomavírus humano (HPV) é uma das viroses sexualmente transmissíveis mais prevalentes no mundo. Entretanto, ainda existem lacunas de conhecimento a respeito da etiologia do câncer de pênis, e a história natural do HPV no homem ainda não está totalmente elucidada. Este estudo teve como objetivo determinar a prevalência da infecção por HPV em amostras de esfregaços de pênis, oriundos de uma população masculina clinicamente assintomática. Para tanto, foram analisadas 261 amostras, coletadas entre 2010 e 2013 em diferentes instituições na cidade do Rio de Janeiro, incluindo hospitais, uma clínica de dermatologia e uma empresa metalúrgica. Também contabilizamos variáveis epidemiológicas de 182 destes indivíduos, através da aplicação de um questionário para auxílio na investigação de possíveis fatores de risco. A identificação viral foi feita através das técnicas de reação em cadeia da polimerase genérica e tipo-específica, e RFLP (Restriction Fragment Length Polimorfism), quando necessário. Foi encontrada uma prevalência geral para infecção por HPV de 16,47% (43 indivíduos). O tipo de HPV mais prevalente foi o HPV 6 (34,88%), seguido pelos HPV 16 (23,25%), HPV 11 (16,27%), HPV 45 (9,30%) e HPV 58 (2,32%); assim, encontramos infecção por HPV de baixo risco oncogênico em 53,66%, e de alto risco oncogênico em 46,34% dos indivíduos infectados. A idade dos indivíduos analisados variou entre 18 e 65 anos, com média de idade de 26,30 anos. Dentre as variáveis epidemiológicas estudadas, houve significância estatística apenas para o grupo de indivíduos circuncisos (p<0,05). Dois dos três indivíduos que afirmaram ter histórico de outras DST (Doenças Sexualmente Transmissíveis) se encontravam infectados. Assim, pudemos inferir que a prevalência da infecção na população masculina assintomática estudada é considerável, embora bem menor do que a descrita em alguns estudos publicados recentemente. Acreditamos que os resultados possam contribuir para uma visão mais clara a respeito da circulação do HPV na população masculina geral, bem como a identificação de fatores de risco associados à epidemiologia da infecção em nosso estado.