A doença de Parkinson (DP) é uma doença complexa e multissistêmica de etiologia multifatorial que afeta principalmente os neurônios dopaminérgicos da substantia nigra pars compacta (SNpc). O uso crônico de levodopa, terapia para reposição de dopamina a nível cerebral, pode levar em alguns pacientes ao desenvolvimento de complicações motoras, como discinesia e flutuação motora. A presença destes efeitos pode leva a uma diminuição na qualidade de vida dos pacientes com a DP, assim como ao aumento dos custos relacionados ao tratamento. Estudos de associação mostram que variações em farmacogenes podem estar relacionadas com o desenvolvimento de efeitos adversos na DP. A presença de variantes no gene BDNF Val66Met (rs6265) tem sido associada à diminuição na expressão do gene, o que pode levar ao surgimento de efeitos motores na DP, porém os resultados da literatura são inconsistentes. Além disso, variantes no gene transportador de dopamina OCT1 A>C (622342) influenciam na resposta a drogas anti-parkinsonianas, e podem assim, favorecer o surgimento de efeitos adversos na doença de Parkinson. Neste sentido, o objetivo do presente estudo foi avaliar uma possível influência dos polimorfismos nos genes BDNF G196A (Val66Met, rs6265) e OCT1 A> C (622342) no surgimento de discinesia / flutuação motora induzida pelo uso contínuo de levodopa (LID), em indivíduos com a DP. Foram incluídos neste estudo, 200 indivíduos com DP idiopática e a detecção dos polimorfismos BDNF G196A (rs6265) e OCT1 A> C (rs622342) foi realizada por PCR-RFLP. A análise univariada mostrou que o risco de desenvolver discinesia induzida por levodopa (LID) foi aumentado em 3,56x para indivíduos portadores do genótipo BDNF GA (IC 95% 1,53 ± 8,27; p = 0,0044), enquanto indivíduos portadores do genótipo OCT1 AC (OR = 0,17; IC 95% = 0,08 ± 0,36; p = 0,0001) e OCT1 CC (OR = 0,01; IC 95% (0 ± 0,03); p = 0,0001) foram protegidos deste sintoma. Em relação ao desenvolvimento de flutuação motora, indivíduos portadores do genótipo BDNF GA tiveram um risco 2,7x maior (OR = 2,71; IC 95% (1,33 ± 5,51; p = 0,0086), enquanto indivíduos com genótipo OCT1 CA (OR = 0,14; IC 95% = 0,07 ± 0,26; p = 0,0001) e OCT1 AA (OR = 0; IC 95% = 0 ± 0,01; p = 0,0001) apresentaram efeito protetor. Na análise multivariada foi possível observar um risco aumentado de desenvolvimento de LID tanto para dose equivalente de Levodopa (LED) (Hazard ratios (HR) = 1,001; p = 0,003) quanto para indivíduos portadores do genótipo OCT1 C/C (HR = 5,397; IC 95% 1,206–24,144; p = 0,027). Com relação a flutuação motora, a análise de regressão de Cox mostrou um efeito de risco significativo apenas para LED (HR = 1,003; IC 95% 1,002–1,004; p = 0,000). Concluímos assim, que as variantes nos genes BDNF (rs6265) e OCT1 (rs622342) influenciam o surgimento de discinesia e flutuação motora em pacientes com doença de Parkinson na população estudada.