Infecções intramamárias acometem frequentemente os animais leiteiros, gerando danos tanto na saúde dos animais e perdas significativas na quantidade e qualidade do leite produzido, como riscos para a saúde dos consumidores tendo em vista que as glândulas mamárias infectadas podem abrigar micro-organismos potencialmente zoonóticos. Os Staphylococcus frequentemente são detectados em exame microbiológico no leite de animais acometidos por
infecção mamária. Sendo assim, faz-se necessário estudos mais aprofundados relacionados à resistência antimicrobiana e os fatores de virulência, além de elementos genéticos móveis, afim de minimizar as perdas para a cadeia produtiva e para a saúde pública. O sequenciamento do genoma completo é uma ferramenta desenvolvida para auxiliar com maior facilidade, rapidez e menores custos toda a epidemiologia genômica dos micro-organismos, e, através da anotação funcional, realizar comparações entre micro-organismos e identificar diferenças e
similaridades entre elas. O capítulo I, é um referencial teórico, que demonstra aspectos da qualidade do leite de cabras, tanto nos aspectos físico-químicos como microbiológicos, com base na legislação nacional vigente e suas implicações na produção e saúde dos animais e seres humanos. Os capítulos II, III e IV avaliam através do sequenciamento dos genomas, genes de resistência, detecção de plasmídeos, e fatores de virulência de três espécies de Staphylococcus (S.) (S. caprae, S. epidermidis e S. aureus) originários de leite de cabras. As
amostras foram submetidas ao teste fenotípico de difusão em discos. Após extração do DNA genômico total e posterior avaliação quali-quantitativa do DNA, foram sequenciadas em tecnologia Illumina Miseq. A montagem de todos os genomas foi executada em Unicycler. A anotação das amostras de S. caprae foi avaliada por meio de análise do pan-genoma. Foi verificada a presença de genes de resistência a tetraciclina, β-lactâmicos, fosfomicina, macrolídeos, fenicóis e quinolonas. Já para os fatores de virulência, foram observados aderência, exoenzimas, evasão imune, absorção e metabolism do ferro e toxinas. Os capítulos III e IV, analisam respectivamente as amostras de S. epidermidis e S. aureus a despeito do tipo de sequência multilocus (ST), predição de genes de virulência, plasmídeos rep, tipo de cassete cromossomal e fatores de virulência. Uma amostra de cada uma dessas espécies, detectou o gene mec e tipo de SCCmecIV. S epidermidis exibiu três tipos de sequência
multilocus diferentes, resistência genotípica as classes dos macrolídeos, β-lactâmicos, tetraciclinas, aminoglicosídeos e fosfomicina e seis diferentes plasmídeos, além de fatores de virulência a aderência, enzimas, evasão imune, toxinas e sistema de secreção. Nas cepas de S. aureus, adicionalmente, foram realizadas análises da proteína A e filogenia. As amostras pertenciam a quatro ST’s e cinco proteínas A (spa) diferentes. Houve maior prevalência de resistência para os genes de tetraciclina e beta-lactâmicos, entretanto, uma cepa ainda
apresentou genes de resistência a trimetropim, macrolídeos, aminogligosídeo e fenicol. Os genes de virulência foram classificados em exoenzimas, toxigênicos e resposta imune. Em resumo, a ocorrência de genes de resistência e plasmídeos portadores de genes de resistência, inclusive, para antimicrobianos de último recurso em infecções humanas mais graves, além de grande frequência de genes de virulência em isolados de Staphylococcus spp. de originários de leite de cabras reforça a preocupação frente à qualidade do leite produzido como alimento
seguro.