Cordia trichotoma é uma espécie arbórea que apresenta potencial para diversos usos econômicos, principalmente de sua madeira, além de ser recomendada para reflorestamentos com finalidade ambiental e, embora produza sementes com abundância, poucos estudos foram realizados sobre a variabilidade e a divergência genética da espécie, bem como a tolerância a estresses abióticos durante o processo germinativo de sementes e desenvolvimento inicial de plântulas. Portanto, objetivou-se, primeiramente, avaliar a variabilidade e a divergência genética da espécie com base nos caracteres de sementes e plântulas e, posteriormente, a tolerância aos estresses hídrico e salino no processo germinativo. No estudo da variabilidade e divergência genética, sementes de 32 árvores matrizes de C. trichotoma foram submetidas a avaliações biométricas, ao teste padrão de germinação e desenvolvimento de plântulas e ao teste de condutividade elétrica. Os parâmetros genéticos foram estimados via REML/BLUP e, a partir dos valores genotípicos, foi obtida a correlação entre caracteres e avaliada a divergência genética entre as matrizes pelos métodos de agrupamento de Ward, “k-means” e pela análise de componentes principais. No estudo da tolerância aos estresses abióticos, um lote com a mistura das sementes das árvores matrizes foi submetido ao teste de germinação nas temperaturas de 25 °C e 30 °C, simulando o estresse hídrico mediado por PEG 6000 nos potenciais de 0 (controle), -0,1, -0,2, -0,4 e -0,6 MPa, e o estresse salino mediado por NaCl nos potenciais de 0 (controle), -0,1, -0,2, -0,4, -0,6 e -0,8 MPa. Foram avaliados caracteres de germinação e vigor de sementes e plântulas. No primeiro estudo, obtiveram-se valores elevados de herdabilidade da média de genótipos (0,562 a 0,994), acurácia da seleção (0,749 a 0,997) e coeficiente de variação genotípica (7,39% a 44,63%), com coeficientes de variação relativa acima de 1,0 (1,14 a 5,71), exceto para comprimento da parte aérea de plântulas (0,51). Sementes maiores correlacionaram-se com plântulas de maior massa e o desempenho germinativo correlacionou-se com o tamanho inicial das plântulas. As matrizes foram separadas em três grupos pelos métodos de agrupamento e a análise de componentes principais corroborou os agrupamentos formados, com 85,7% da variância total dos dados explicada nos três primeiros componentes. A divergência foi moderada, mas é possível selecionar árvores matrizes para melhoramento genético ou conservação da espécie. No segundo estudo, concluiu-se que as sementes da espécie apresentam baixa tolerância aos estresses, tendo a germinação totalmente inibida sob potencial hídrico de -0,4 MPa quando submetida a estresse hídrico e a -0,8 MPa sob estresse salino.