A raça Mangalarga Marchador (MM) originária na região sul no estado de Minas Gerais é a maior raça de equinos criados no Brasil. Os objetivos deste estudo foram estimar os efeitos de ambiente e os parâmetros genéticos de características lineares e escores de pontuação (andamento, morfologia e total) obtidos no momento do registro definitivo de animais da raça MM, além de também identificar a existência de possíveis linhagens nesta raça, levando em consideração a frequência alélica observada a partir de informações obtidas por genotipagem em marcadores microssatélites utilizando análise discriminante de componentes principais. Para a obtenção dos parâmetros genéticos avaliaram-se 167.764 animais de 14.252 fazendas entre os anos de 1967 a 2016. As características avaliadas foram alturas: de cernelha (AC) e garupa (AG); comprimentos: de cabeça (Ccab), pescoço (CP), espádua (CE), dorso-lombo (CDL), garupa (CG), corporal (CC); larguras: de cabeça (LC) e garupa (LG); perímetros: torácico (PT) e de canela (PC); pontuações: andamento (And), morfologia (Morf) e total (Ptotal). Os componentes de (co)variância, herdabilidade (h²), correlações genéticas e fenotípicas entre as características lineares foram obtidos pelo método da máxima verossimilhança restrita utilizando o programa AIREMLF90. As características obtidas por escore de pontuação foram avaliadas por análise bayesiana, por meio do programa THRGIBBSF90 e aplicativo POSTGIBBSF90. Para a identificação das linhagens foram utilizados dados de 60.795 equinos da raça MM (24.037 machos e 36.758 fêmeas), distribuídos por todo o território nacional e em todos os estados da federação, genotipados em teste de paternidade por exame de DNA para 13 loci microssatélites entre os anos de 2005 a 2016. Para verificação da possível existência de linhagens foi realizada a análise discriminante dos componentes principais (DAPC), por meio do programa R. O critério de informação bayesiana (Bayesian Information Criterion – BIC) foi utilizado para identificar o número ótimo de grupos (K) genéticos. Para escolha do número ideal de componentes principais (PCs) a serem retidos na análise, foi calculado o α-score por meio do pacote adegenet do programa R. As estimativas de h² obtidas foram: AC (0,46), AG (0,46), Ccab (0,20), CP (0,21), CDL (0,27), CG (0,23), CE (0,21) e CC (0,35), LC (0,24), LG (0,25), PT (0,22), PC (0,18), And (0,21), Morf (0,22) e Ptotal (0,26). As correlações genéticas variaram de zero, entre CP e And, a 0,96 entre AC e AG. As correlações fenotípicas variaram de zero, entre AG e Morf, a 0,85 entre And e Morf. O número ideal de grupos foi de 300 e de componentes principais retidos na DAPC foram 35, escolhidos a partir do menor valor de BIC (300) e maior valor de α-score (35 e 0,8), respectivamente. Não foi observada a existência de dispersão dos valores ao longo do gráfico da DAPC, demonstrando a não formação de grupos ou qualquer distanciamento genético entre animais dentro da raça MM. Os efeitos de sexo, fazenda, ano de nascimento e de registro devem ser incluídos no modelo de análise para estimar parâmetros genéticos para as características morfofuncionais da raça MM. As características de altura de cernelha e garupa devem responder a seleção, resultando em progresso genético em animais MM. A seleção para altura de cernelha deve resultar em mudanças correlacionadas na altura da garupa e no comprimento corporal, assim como a seleção para pontuação total poderá levar a melhoria do mérito genético da morfologia de animais da raça MM. Não foi identificada geneticamente a existência de linhagens na raça MM, considerando dados de microssatélites de animais avaliados a partir do ano de 2005.