Objetivo: Analisar a prevalência, diversidade e distribuição de enteroparasitas em animais domésticos e silvestres provenientes de três biomas brasileiros (Pantanal, Amazônia e Cerrado), e as suas interações com os seres humanos. Métodos: Estudo de diversidade biológica e de hospedeiros, com inferências de relacionamento entre espécies de organismos. Foram utilizados métodos de revisão sistemática e meta-análise de dados previamente publicados no Brasil acerca de infecções por Blastocystis spp. e Entamoeba spp. Foram realizadas coletas de 410 amostras fecais de animais domésticos e silvestres de regiões dos biomas brasileiros, Pantanal (155 amostras), Amazônia (131) e Cerrado (124). Exames coprológicos foram realizados com as técnicas de Hoffman e Sheather. O teste qui-quadrado foi usado para avaliar diferenças significativas. O índice de diversidade de Shannon mediu a diversidade, abundância e equitabilidade das espécies de parasitas. Resultados: As análises determinaram uma prevalência geral combinada de infecções por Blastocystis spp. em humanos no Brasil de 24% e por Entamoeba spp. de 22%. Dentre os animais, os mamíferos resultaram os mais prevalentes nas infecções por ambos protozoários. Os subtipos de Blastocystis spp. identificados nos diferentes hospedeiros foram os compreendidos desde o ST1 até ST8. Dentre as espécies identificadas de Entamoeba spp., E. coli resultou a mais prevalente com 86,5%, E. dispar (7,9%), E. histolytica (3,1%) e E. hartmanni (1,9%). A prevalência geral de infecção por parasitas intestinais nas 280 amostras coletadas dos diferentes animais domésticos de produção e silvestres no estado foi de 79,64%. Os animais domésticos de produção apresentaram uma positividade de 87% e os animais silvestres 51%. Blastocystis spp. foi o protozoário mais prevalente seguido do Complexo Entamoeba histolytica. Entre os helmintos os ancilostomídeos foram os mais prevalentes, seguido de Ascaris spp. A diversidade de espécies foi alta em todos os biomas, porém a análise de diversidade e equitabilidade de Shannon registrou maiores índices no bioma Pantanal (H=2,3143; E=0,7381), seguido da Amazônia (H=2.1483; E=0,7933) e Cerrado (H=1,9487; E=0,7384). A prevalência geral de infecção por parasitas intestinais nas 130 amostras coletadas de cães dos biomas foi de 57%. Entre os helmintos os ancilostomídeos foram os mais prevalentes, seguido de Toxocara spp. Os protozoários mais prevalentes foram Blastocystis spp. seguido de Giardia spp. e Entamoeba coli. A diversidade de espécies foi alta em todos os biomas e não houve diferença estatística significativa entre as prevalências dos biomas estudados. Conclusões: Através da meta-análise foi observada uma alta prevalência de infecção por Blastocystis spp. e Entamoeba spp. na população brasileira. Blastocystis spp. apresentou prevalências de até 40% nas regiões Sul, Sudeste e Centro-Oeste. Entamoeba spp. com prevalências de até 50% nas regiões Norte, Nordeste e Centro-Oeste. Embora existam porcentagens de prevalências contrastantes entre as diferentes regiões, existe uma ampla distribuição de Blastocystis spp. e Entamoeba spp. no Brasil, o que reflete os problemas sanitários ainda existentes em todo país. Entre os animais, os mamíferos exibiram as taxas de prevalência de Entamoeba spp. e Blastocystis spp. mais altas, e os animais domésticos de criação e os silvestres em cativeiro são possivelmente os mais relacionados à transmissão desses protozoários intestinais no Brasil. Nas análises coprológicas das amostras coletadas de diferentes animais, domésticos de fazenda, pets (cães) e silvestres, nos três biomas, foi observada uma alta prevalência e diversidade de enteroparasitas. A análise de diversidade de espécies revelou a presença de 24 espécies de parasitas, sendo Blastocystis spp. e o complexo Entamoeba histolytica os protozoários mais prevalentes, e ancilostomídeos, Ascaris spp. e Toxocara spp. os helmintos de maior prevalência. A semelhança de prevalências e diversidade de espécies encontrada nos três biomas estudados pode ser explicada pelas condições de temperatura e umidade, práticas de manejo nas propriedades rurais e programas sanitários de controle de agentes infecciosos praticamente iguais nos três municípios a que pertencem. A sobreposição de áreas contendo animais silvestres e animais domésticos neste estudo aponta para o risco de troca de parasitas entre as espécies. Nossos resultados evidenciam a necessidade de maiores investigações e implantação de medidas de controle de infecções enteroparasitárias de áreas rurais próximas a fragmentos de florestas, pois os animais domésticos mantêm as infecções em ambientes domésticos e, assim, podem ser responsáveis pela transmissão de diversos parasitas à animais silvestres que vivem nas proximidades, bem como para os humanos, o que significa que o risco de doenças em animais e zoonoses é alto nessas áreas.