O sequenciamento de alto rendimento, como do RNA mensageiro total (RNA-Seq), permite quantificar o perfil transcricional de genes, proporcionando a identificação de biomarcadores para fenótipos complexos, a fim de predizer a genética do animal. O sequenciamento através do RNA-Seq auxilia no entendimento de processos fisiológicos por intermédio da identificação de genes e transcritos diferencialmente expressos nos mais diversos campos da ciência, incluindo a identificação de fatores de transcrição (FTs). Esse processo pode auxiliar na seleção de animais da raça Nelore com valores genômicos elevados para eficiência alimentar, contribuindo, assim, para a produção da carne brasileira. Portanto, o objetivo desse trabalho foi predizer FTs que regulam genes diferencialmente expressos em tecido muscular de duas populações de bovinos da raça Nelore divergentes para consumo alimentar residual (CAR), por meio do RNA-Seq. Para tanto, foram avaliados dados de RNA-Seq de duas populações de animais da raça Nelore divergentes para o CAR: População A e População B. Os animais da População A, mais eficientes (CAR negativo, N=12) e menos eficientes (CAR positivo, N=12), eram provenientes de um rebanho comercial de bovinos Nelore machos não-castrados. Os animais da População B, (CAR negativo, N=10) e menos eficientes (CAR positivo, N=10), eram provenientes de um rebanho experimental de bovinos Nelore machos castrados. Nas populações A e B, foram identificados respectivamente 10 e 16 genes diferencialmente expressos. Esses genes estavam envolvidos em processos e vias relacionados ao metabolismo lipídico, à síntese proteica e ao sistema imunológico. Nenhum destes genes foi anotado como FT. Logo, foi realizada uma análise para predizer os FTs, que, possivelmente, atuam na regulação dos genes diferencialmente expressos encontrados nestas populações. De acordo com as análises de predição, os genes TWIST2, FOS e CDX2 podem atuar como FTs dos genes diferencialmente expressos encontrados na população A. Os ESRRA, ESRRB, TCF12 e SRF foram preditos como reguladores dos genes diferencialmente expressos encontrados na população B. Os resultados dessa dissertação oferecem uma maior compreensão dos mecanismos moleculares de genes, provavelmente, candidatos para melhor CAR e crescimento em bovinos da raça Nelore