Objetivou-se investigar a ocorrência de Chlamydia psittaci em psitacídeos atendidos no Hospital Veterinário da Faculdade Pio Décimo, Aracaju, SE e anticorpos anti-Toxoplasma gondii em aves silvestres nativas e exóticas mantidas em cativeiro no estado de Sergipe e suas implicações na saúde pública. No período de junho de 2017 a fevereiro de 2019 foram colhidas amostras de suabes orotraqueais e cloacais para detecção de C. psittaci pela técnica de Reação Cadeia Polimerase (PCR) de 49 psitacídeos atendidos no Hospital Veterinário que apresentaram sinais clínicos de clamidiose, tais como: conjuntivite, secreção nasal, sinusite, pneumonia e dispneia. Deste total, 8/49 (16,3%) amostras foram positivas, sendo: 1/1 (100%) ring-neck (Psittacula krameri), 6/32 (18,7%) calopsitas (Nymphicus hollandicus) e 1/11 (9,0%) papagaios-verdadeiros (Amazona aestiva). Para a pesquisa de anticorpos anti-T. gondii pelo teste de Aglutinação Direta Modificada (MAT≥1:5) foram colhidas amostras sanguíneas de 25 aves do zoológico do Parque da Cidade “Governador José Rollemberg Leite”, Aracaju, 57 aves do Criadouro Parque dos Falcões, Itabaiana e 36 aves atendidas no Hospital Veterinário, totalizando 118 aves silvestres. Das amostras, 9/118 (7,6%) foram soropositivas, sendo: 1/5 (20%, Parque dos Falcões) corujas-orelhudas (Asio clamator), 1/5 (20%, Parque dos Falcões) gaviões-caboclos (Heterospizias meridionalis), 2/11 (18,2%, Hospital Veterinário) papagaios-verdadeiros, 1/4 (25%, Hospital Veterinário) papagaios-do-mangue (Amazona amazonica), 1/1 (100%, zoológico), arara-vermelha (Arara chloroptera), 1/3 (33,3%, zoológico) papagaios-verdadeiro,1/4 (25%, zoológico) papagaios-do-mangue e 1/4 (25%, zoológico), periquitos-rei (Aratinga aurea). Este é o primeiro registro da ocorrência de anticorpos anti-T. gondii em aves silvestres e de C. psittaci pela PCR em aves silvestres e exóticas do Estado de Sergipe. Dessa forma, é necessário a aplicação de medidas sanitárias, Programas de Biossegurança e de Educação em Saúde para instituições, tutores e aves, os riscos zoonóticos para a saúde pública e promover o bem-estar dos animais como medida de prevenção.