O queijo é um produto resultante da coagulação enzimática do leite, complementado ou não com bactérias láticas específicas. A composição comum do queijo favorece a multiplicação de micro-organismos patogênicos. A contaminação fúngica desse produto pode comprometer a qualidade, pois tais agentes tem alto potencial deteriorante, além de trazer riscos para a saúde pública. Objetivou-se nesse estudo verificar a diversidade genética e o potencial deteriorante de fungos leveduriformes e filamentosos isolados em 20 amostras de queijos tipo Minas Frescal comercializados de forma ilegal, em feiras livres na região norte do Tocantins. Foram realizadas contagens de fungos filamentosos e leveduriformes, verificação da atividade proteolítica, lipolítica e sacarolítica em diferentes temperaturas dos isolados obtidos e identificação dos gêneros dos fungos filamentosos e identificação das espécies de leveduras por meio da amplificação das regiões espaçadoras transcritas internas (ITS) do DNA, sequenciamento e identificação por similaridade usando a ferramenta BLAST para comparação com as sequencias depositadas no GenBank do National Center for Biotechnology Information (NCBI). Foi observado que 45% das amostras de queijo tiveram a presença de fungos filamentosos e 100% a presença de leveduras, apresentando contagem média 7,6 (±2,6) x 105 UFC/g. O gênero de fungo filamentoso predominante foi o Penicillium spp., representando 47,36% (9/19) das morfoespécies, sendo um gênero conhecido por conter espécies produtoras de micotoxinas. A espécie de levedura predominante foi a Kluveromyces lactis seguida da Clavispora lusitaniae. Dos fungos filamentosos isolados 73,68% (14/19) tem potencial proteolítico, sendo que quatro (21,05%) tiveram crescimento tanto em temperatura mesófila como psicrotrófica. A atividade proteolítica de leveduriformes foi de 64% (16/25), das quais 37,50% (6/16) dessas produziram proteases em temperatura psicrotrófica. Dos filamentosos, 89,47% (17/19) tiveram atividade lipolítica, na qual 57,89% produziram lipases nas duas temperaturas submetidas. Com relação às leveduras, 92% (23/25) tiveram atividade lipolítica sendo 86,95% (20/25) psicrotrófica. Em relação à atividade acidificante em diferentes açúcares, a maioria dos isolados teve maior ação sobre a dextrose, tanto filamentosos quanto leveduriformes. Conclui-se que os queijos clandestinos comercializados em feiras livres em Araguaína são inapropriados para o consumo e são necessárias políticas públicas que acentuem a educação sanitária e que a fiscalização seja mais intensiva coibindo a comercialização ilegal de produtos e subprodutos de origem animal que podem oferecer risco ao consumidor.