Este estudo teve como objetivos realizar a caracterização molecular de Trypanosoma vivax e Trypanosoma theileri através dos genes 18S e CatL, bem como analisar o perfíl bioquímico relacionado à infecção para Trypanosoma vivax em bovinos do estado do Rio de Janeiro. As amostras foram coletadas, por meio de venopunção da veia coccígea de 389 bovinos, sendo o sangue total coletado acondicionado em tubos contendo ácido etileno-amino-tetracético à 10% para análise molecular e tubos sem anticoagulante para bioquímica, sendo posteriormente enviadas ao Laboratório de Hemoparasitos e Vetores da Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro onde foram realizadas as análises. As amostras de DNA foram extraídas seguindo-se protocolo recomendado pelo fabricante (Promega®) e posteriormente armazenadas em freezer -20°C até o momento das análises moleculares. O soro para análise bioquímica foi obtido pela centrifugação em centrífuga clínica à 3.000rpm por 5 minutos e posteriormente foi enviado ao Laboratório de Análises Clínicas do Laboratório de Quimioterapia Experimental em Parasitologia Veterinária (LQEPV/ UFRRJ), onde os níveis séricos de Gama Glutamiltransferase (GGT), Proteína Sérica Total (PTS), Albumina (ALB), Bilirrubina Total (BT) e Direta (BD), Creatinina (CR), Uréia (UR), Fosfatase Alcalina (FAL), Lactato Desidrogenase (LDH), Aspartato Aminotransferase (AST/TGO) e Alanina Aminotransferase (ALT/TGP) foram determinados usando o analisador bioquímico automatizado A15 (Biosystems®) e kits de reagentes comerciais de acordo com o equipamento utilizado. A análise molecular foi realizada através dos genes 18S para identificação de Trypanosoma sp, e CatL-like (Cathepsina L-like) para identificação Trypanosoma vivax e T. theileri. Após análise de frequência, algumas amostras de cada município foram selecionadas para análise filogenética e comparação da identidade das sequências do presente estudo com outras sequências encontradas no GenBank. Dentre as amostras analisadas 4,6% (18/389) apresentaram-se positivas para Trypanosoma vivax em esfregaço sanguíneo, não sendo visualizadas amostras positivas para Trypanosoma theileri. Para o gene 18S, 15,4% (60/389) foram positivas para Trypanosoma sp, já para o gene CatL, 12,8% (50/389) foram positivos para T. vivax enquanto para T. theileri houve 3,6% (14/389) de animais positivos. A análise filogenética para T. vivax mostrou 2 clusters definidos para o gene 18S rDNA e 4 para o gene catL, já para T. theileri, observamos 1 clusters definidos para o gene 18S rDNA e 4 para o gene catL, com 15 genótipos distintos. O presente estudo teve por finalidade relatar a primeira caracterização molecular de T. vivax e T. theileri no estado do Rio de Janeiro, bem como o primeiro relato da linhagem IB e IF de T. theileri baseado no gene catL. Além disso, este também foi o primeiro relato de análise bioquímica dos animais infectados naturalmente por Trypanosoma vivax no estado do Rio de Janeiro, onde foi possível verificar que bilirrubina direta, uréia e GGT alteradas nestes animais infectados estão fortemente ligadas a injúria hepatocelular e disfunção metabólica do fígado.