Os animais vivem em simbiose com microrganismos, as bacterias exercem várias funções importantes no organismo como digestão de alimentos, desenvolvimento do sistema imune e resistência à patógenos. Agentes infecciosos podem provocar desequilíbrios da microbiota e desenvolver doenças no hospedeiro. Com o objetivo de estudar os efeitos que alteram a microbiota intestinal dos bezerros lactentes, dois estudos foram desenvolvidos. O primeiro, investigou o efeito da idade e genética na microbiota intestinal de bezerros Nelore (n= 10) e Cruzados (Nelore x Raça britânica; n= 10) mantidos a campo com suas mães, sem receber suplementação. Foram realizadas oito colheitas nos respectivos dias de vida, 5 (5d), 14d, 28d, 60d, 90d, 180d, no desmame (245d) e quinze dias após (260d), e foram colhidas amostras de seis vacas (DAM) no desmame para servir como controle. O efeito do peso ao desmame nas populações bacterianas entre Nelore e Cruzados foi avaliado. As regiões V3-V4 do gene 16S rRNA foram sequenciadas (Illumina). No geral, os filos mais abundantes foram Firmicutes (64.68%), Bacteroidetes (16.81%), Fusobacteria (9.10%), Proteobacteria (1.49%) e Actinobacteria (1.28%). A riqueza aumentou de acordo com o crescimento dos bezerros até se tornar similar à da mãe ao desmame. A composição e a estrutura da microbiota intestinal mudaram com a idade. Não há semelhança na composição da microbiota entre bezerros e as mães, mas a estrutura da microbiota foi semelhante à da mãe próximo ao desmame. O grupo genético demonstrou influenciar a composição aos 60d e 90d e a estrutura aos 60d, 90d, 245d e 260d. O gênero Fusobacterium foi abundante na microbiota dos bezerros de corte saudáveis. Os bezerros Cruzados foram mais pesados do que os Nelore ao desmame (240,70 vs. 216,80 kg). O segundo estudo, teve como objetivos avaliar a eliminação de Cryptosporidium durante o primeiro mês de vida de bezerras leiteiras e as mudanças na microbiota intestinal. Foram colhidas amostras de fezes de 30 bezerras durante o primeiro mês de vida, foram anotados dados de colostro, transferência de imunidade passiva, uso de antibióticos e diagnóstico de doenças. A presença do Cryptosporidium foi detectada com SN–PCR em 15 amostras de cada bezerra em dias alternados, totalizando 450 amostras. Amostras de 16 bezerras foram utilizadas para a análise da microbiota intestinal de acordo com o primeiro dia de diarreia (D0), anterior a diarreia (D-4 e D-2), durante o curso da diarreia (D+4), ao final (DX) e seis dias após (DX+6). Amostras do segundo dia de vida (n=30), terceiro (n=12) e quarto dia (n=18) também foram analisadas. A região V4 do gene 16S rRNA foi sequenciada (Illumina). Foi observada ocorrência de diarreia em todas as bezerras, com início no quinto dia de vida e duração média de 7,86 dias. Todas as bezerras foram positivas para Cryptosporidium. Os principais filos observados foram Firmicutes, Proteobacteria, Fusobacteria, Bacteroidetes e Actinobacteria. O Cryptosporidium spp. alterou a microbiota intestinal e o filo Fusobacteria aumentou durante a diarreia. A efetiva transferência de imunidade passiva diminuiu o uso de antibióticos e foi observado que o colostro e a imunidade têm funções na restauração da microbiota dos animais e necessitam de maiores estudos.