Os manguezais desempenham um papel importante na regulação do clima, sequestrando e estocando quantidades significativas de carbono, dessa forma, auxiliando no balanço das emissões antrópicas desse gás de efeito estufa. No intuito de melhor entender o papel das florestas de mangue nesse cenário, o presente estudo analisou o efluxo de CO2 (ECO2) do tronco das árvores de Avicennia germinans, Rhizophora mangle e Laguncularia racemosa, espécies dominantes nos manguezais da península de Ajuruteua, Bragança, e ao longo da costa amazônica brasileira, considerando a variação i) temporal (ao longo do dia, mês e ano) e ii) vertical (ao longo do fuste). Da mesma forma, o presente estudo avalia a influência de fatores abióticos e bióticos, como: salinidade intersticial do solo, precipitação pluviométrica e temperatura do ar e do tronco sobre essas variações, além de testar a acuidade dos resultados obtidos para extrapolações através dos métodos que utilizam i) apenas o diâmetro à altura do peito (DAP) das árvores ou ii) os diferentes pontos ao longo do fuste. Para estimar o ECO2 do tronco foi utilizado um analisador portátil de gás por infravermelho (IRGA) Licor-840 e câmaras cilíndricas para acoplar ao tronco. As medidas foram tomadas de março de 2019 a fevereiro de 2020. A variação no ECO2 do tronco ao longo do dia apresentou os valores mínimos entre 01:00 e 7:00 h para as três espécies de mangue (1,09 a 2,16 μmol CO2 m-2s-1) e os máximos entre 14:00 e 16:00 h para A. germinans e L. racemosa (4,70 a 1,75 μmol CO2 m-2s-1), enquanto que para R. mangle as maiores taxas foram registradas às 20:00 h (1,57 μmol CO2 m-2s-1). A temperatura do tronco e do ar seguiram tendências similares ao ECO2 do tronco com máximas entre 12:00 e 16:00 h (30,8 ± 1,88 oC) e mínimas entre 03:00 e 05:00 (26,8 ± 1,26 oC). O diâmetro do tronco apresentou correlação positiva com o ECO2 apenas para R. mangle e L. racemosa. Quanto à variação vertical, as estimativas de ECO2 obtidas no DAP apresentaram valores médios superiores àqueles obtidos ao longo do fuste somente para A. germinans (2,08 ± 1,17 e 1,71 ± 0,99 μmol CO2 m-2s-1, respectivamente) e L. racemosa (1,45 ± 0,74 e 1,27 ± 0,67 μmol CO2 m-2s-1, respectivamente). A variação temporal no ECO2 do tronco ficou evidente tanto ao longo do dia e nos meses monitorados ao longo de um ciclo anual, com as maiores estimativas registradas durante o período seco. A salinidade intersticial do solo apresentou maiores valores (28,3 ± 0,61 a 35,2 ± 0,41) durante os meses do período seco, com diminuição dos valores de ECO2 do tronco nas três espécies de mangue expostas à salinidade acima de 30. A extrapolação das estimativas obtidas usando apenas as medidas de efluxo do DAP resultou em superestimativa do ECO2 anual do tronco das árvores para a atmosfera em comparação às medições obtidas no plano vertical ao longo do tronco, cujos valores mostraram diferenças de 6%, 16% e 28% para R. mangle, A. germinans e L. racemosa, respectivamente. Os valores anuais de ECO2 do tronco estimados pelos métodos baseados nas medidas obtidas através i) do DAP e ii) ao longo do tronco foram de 77,4 a 471,3 mol CO2 m-2 tronco-1 ano-1 e de 55,9 a 395,0 mol CO2 m-2 tronco-1 ano-1, respectivamente. Tais resultados sugerem que as estimativas com base nos diferentes pontos ao longo do fuste sejam utilizadas para obter estimativas mais precisas, reduzindo as incertezas no balanço de carbono tanto para o compartimento “tronco” quanto para a floresta de mangue como um todo.