A influência do evento El Niño 2015/16 sobre as variáveis ambientais e a estrutura da comunidade zooplanctônica foi investigada em um estuário tropical (Taperaçu, norte do Brasil). Especificamente, este estudo teve como objetivo explorar a resposta das espécies dominantes e índices ecológicos (diversidade, uniformidade e riqueza) às mudanças temporais no regime de chuvas e nos parâmetros hidrológicos em um cenário de meso-macro marés tropicais. Para tanto, foram realizadas oito campanhas de campo, entre setembro de 2014 e junho de 2016, com as amostras de zooplâncton coletadas em três estações fixas usando redes cônicas (120 μm), sendo as amostras de água e de zooplâncton analisadas por métodos padronizados. Durante o presente estudo, as variáveis físicas, químicas e biológicas da água foram diretamente afetadas pelas diminuições nos níveis de chuva resultantes da ação do evento El Niño. Isto ocasionou um aumento da salinidade e reduções das concentrações dos nutrientes inorgânicos dissolvidos e da biomassa fitoplanctônica na área estudada. Estas condições tiveram um efeito direto sobre a dinâmica mensal do zooplâncton como um todo, e em particular dos copépodos Acartia lilljeborgii (5.066±8.124 ind m−3, p<0,0001) e Euterpina acutifrons (880,81±1.490 ind m−3, p<0,0001), e do apendiculário Oikopleura dioica (724,04±1.153 ind m−3, p<0,05), os quais estiveram significativamente relacionados aos elevados valores de salinidade, pH e temperatura, apresentando picos de densidade em meses de El Niño. Taxas elevadas no recrutamento dos náuplios de copépodos foram também observadas durante esses meses, com as maiores densidades larvais sobrepondo-se ao das formas adultas dominantes. Os efeitos das condições climáticas anômalas (baixa pluviosidade) também se refletiram na redução da diversidade (2,45±0,61 bits ind-1, p<0,001) e equitabilidade (0,57±0,14, p<0,001), o que não afetou apenas a estrutura da comunidade zooplanctônica, mas pode também ter ocasionado mudanças na dinâmica trófica estuarina em seus níveis mais altos.