A construção de usinas hidrelétricas é uma necessidade da crescente demanda por energia, apesar do potencial para afetar o meio ambiente. O objetivo deste estudo foi avaliar os impactos da construção de barragens em espécies migradoras no Rio Teles Pires/MT sobre a conectividade genética dessas espécies à montante e à jusante da barragem, possibilitando o desenvolvimento ações para minimizar os efeitos sobre a dinâmica populacional das espécies em longo prazo. Cinco espécies-alvo foram selecionadas para o estudo: Brachyplatystoma filamentosum, Brycon faltacus, Prochilodus nigricans, Pseudoplatystoma punctifer e Zungaro zungaro. Marcadores do tipo microssatélite foram desenvolvidos para todas as espécies, com exceção de P. punctifer que já possuía marcadores descritos. 164 loci microssatélites foram desenvolvidos e testados para as quatro espécies, de modo que se obteve 50 marcadores polimórficos (11 para Brycon falcatus, 12 para Brachyplatystoma filamentosum, 16 para Prochilodus nigricans e 11 para Zungaro zungaro). Os loci foram testados em amostras coletadas no rio Teles Pires/MT e tributários. Os valores médios do conteúdo de informação polimórfica (PIC) para as quatro espécies foram considerados altamente informativos, dos quais a espécie B. filamentosum apresentou 0,74; B. falcatus apresentou 0,72; P. nigricans apresentou 0,72 e Z. zungaro apresentou 0,55. As análises populacionais com os marcadores desenvolvidos foram realizadas com total de 321 indivíduos das cinco espécies citadas, coletadas em diversos pontos no rio Teles Pires e submetidos à extração de DNA. Análises moleculares foram realizadas com 62 marcadores microssatélites supracitados para Brachyplatystoma filamentosum, Brycon faltacus, Prochilodus nigricans, Pseudoplatystoma punctifer e Zungaro zungaro. Os resultados indicaram a presença de duas populações geneticamente distintas para todas as espécies, uma à jusante e outra à montante das extintas corredeiras Sete Quedas no rio Teles Pires. Isso indica que as corredeiras consistiam uma barreira geográfica ao fluxo gênico para essas espécies. Os coeficientes de endogamia obtidos indicam que algumas populações das espécies P. nigricans, P. punctifer e Z. zungaro apresentam elevado nível de parentesco. Os resultados do presente estudo mostra que o monitoramento da ictiofauna do rio Teles Pires é primordial para conservação de populações viáveis dessas espécies. Nas barragens analisadas, não é necessária nenhuma ação antrópica no sentido de conectar as populações pois essas já eram geneticamente distintas antes da instalação dos empreendimentos hidrelétricos. A identificação de áreas de desova também foi realizada por meio de uma nova metodologia alternativa que permite identificação em massa de ictioplâncton baseada na técnica de DNA metabarcoding. Coletou-se amostras de ovos (26 pontos de coleta) e larvas (36 pontos de coleta) de peixes no rio Teles Pires/MT e analisaram-se as amostras como um pool, isto é, todos os espécimes de um ponto de coleta foram extraídos juntos. Sequenciando-se o gene mitocondrial COI e comparando as sequências aos bancos de dados obteve-se elevado sucesso e precisão na determinação das espécies coletadas em cada local amostrado, evidenciando a metodologia proposta como uma importante ferramenta a ser utilizada no manejo de espécies. Além disso, a técnica proposta representa significativa economia de tempo e de recursos, além de aumentar a velocidade na obtenção dos resultados.