A família Balaenopteridae consiste em oito espécies de baleias, e inclui a baleia jubarte (Megaptera novaeangliae) e sete espécies do gênero Balaenoptera. Elas foram caçadas comercialmente até a proibição da caça moderna em 1986. Seu efeito varia entre as espécies, assim como os processos de recuperação demográfica. Algumas atividades humanas têm impacto negativos para baleias, como a poluição sonora nos oceanos, colisão com embarcações e artefatos de pesca. Ainda, a redução das crostas de gelo polar pode causar redução da produtividade primária, podendo afetar espécies que se alimentam principalmente de krill, como a baleia minke Antártica (Balaenoptera bonaerensis). O conhecimento sobre a ecologia da família Balaenopteridae no Atlântico Sul Ocidental (ASO) ainda é escasso para diferentes espécies, e é baseado em um número limitados de observações em campo, dados de caça e de indivíduos encalhados. No Brasil, faltam dados para avaliação do status de conservação mesmo de espécies com mais registros como a baleia de Bryde (B. brydei) e a baleia minke comum (Balaenoptera acutorostrata subsp.), e para isso foram recomendados estudos de estrutura de estoque e taxonomia destas espécies. Assim, foram estudados aspectos relacionados à distribuição temporal, estrutura populacional e nicho isotópico da família Balaenopteridae, com ênfase em três espécies: a baleia minke Antártica, a baleia minke comum, e a baleia de Bryde. Amostras das baleias foram coletadas durante monitoramentos de praia no Brasil e Argentina (~3.5oS a ~45oS), ou providas por museus. O padrão de ocorrência dos encalhes foi investigado para o gênero ao longo da costa leste da América do Sul com ênfase no sul do Brasil, considerando a padronização do esforço de coleta. As amostras foram utilizadas para análise de isótopos estáveis (AIE) e análises moleculares. Utilizando microssatélites e sequências de DNA mitocondrial investigamos o perfil genético da baleia de Bryde e da baleia minke comum no ASO e comparamos com outros bancos de dados, como o GenBank, para elucidar aspectos taxonômicos e de estrutura populacional. Amostras de ossos de seis espécies de balenopterídeos foram utilizadas para AIE para verificar nicho isotópico, sobreposição entre as espécies, e aspectos relacionados a ecologia alimentar e uso de habitat da família. A maioria dos encalhes do Gênero Balaenoptera na costa leste da América do Sul ocorreu entre 20°S e 35°S, durante o inverno e a primavera, e a baleia minke comum e a baleia de Bryde foram registradas nas quatro estações. Em relação a baleia de Bryde, um aumento nos registros de encalhes foi constatado nas últimas décadas, e um padrão sazonal foi observado no sul do Brasil com maior incidência de encalhes durante o verão e outono. Por outro lado, a maioria dos registros de encalhe da baleia minke comum no sul do Brasil foram durante o inverno e primavera, com mais juvenis e neonatos do que adultos (razão de 1.86:1). A ocorrência de juvenis em diferentes estações e a AIE sugerem que alguns indivíduos podem permanecer nesta região e utilizar áreas próximas ao talude continental em medias latitudes no sul do Brasil. O nicho isotópico da família variou entre -27.2‰ a -12.1‰ para δ13C (mediana = -17.6‰) e 3.6‰ a 19.4‰ para δ15N (mediana = 11.8‰). A maior sobreposição de nicho isotópico entre a baleia de Bryde e a baleia minke comum do que com a baleia minke Antártica tem coerência considerando que as duas primeiras parecem possuir hábitos mais generalistas, enquanto a última se alimenta principalmente de krill. Em relação às análises moleculares, se destaca a baixa diversidade genética da baleia de Bryde no ASO, e a grande diferença entre ela e outras populações reafirma que esta população deve ser considerada distinta para fins de conservação. A baleia minke comum do ASO deveria ser considerada uma Unidade de Manejo diferente daquela do Pacífico Sul Ocidental, considerando as grandes diferenças genéticas encontradas.