O gênero Haemagogus (Diptera: Culicidae) compreende 28 espécies de mosquitos, as quais apresentam grande importância médico–epidemiológica no que tange à transmissão de arbovírus, como os vírus da Febre Amarela (YFV) e o vírus Mayaro (MAYV), sendo admitidos como principais vetores destas doenças, atuando primariamente em ciclos de transmissão silvestre. Esses artrópodes apresentam uma distribuição restrita à região neotropical, sendo no Brasil, registradas a ocorrência, até então, de nove espécies do gênero. Apesar de sua importância médica, existe ainda uma grande ausência de informações a respeito dos aspectos de biologia evolutiva destes organismos, considerando que, a principal base de classificação taxonômica destes mosquitos baseia-se ainda na observação de aspectos de morfologia externa. Diante disso, o presente estudo objetivou realizar a obtenção do genoma mitocondrial completo de quatro espécies do gênero Haemagogus: Haemagogus albomaculatus, Haemagogus leucocelaenus, Haemagogus spegazzinii e Haemagogus tropicalis, e, adicionalmente, avaliar os padrões de filogenia em base à utilização das subunidades COXI, COXII, CytB, NADH4 e NADH5. A aquisição das amostras trabalhadas se deu com a realização de coletas, para a espécie Haemagogus tropicalis, na região de Ilha do Combu, na região metropolitana de Belém, Pará, e com a busca das demais espécies no registro de coletas da Seção de Arbovirologia e Febres Hemorrágicas – IEC/SVS. A caracterização molecular do genoma mitocondrial das quatro espécies propostas se deu com a utilização da plataforma ION Torrent PGM (Life Technologies). Obtidos os dados de sequências, estes passaram por etapas de seleção e montagem genômica, alinhamento e curadoria, obtendo assim para cada espécie trabalhada sequências com um tamanho médio de 15.037 pb, com uma conformação gênica contendo 37 subunidades mitocondriais: 13 regiões codificadoras de proteínas, duas regiões de RNA ribossomal, e 22 subunidades de RNA transportador. Foram realizadas nove análises de filogenia pelo método de Máxima Verossimilhança, utilizando as quatro sequências de Haemagogus obtidas, junto a 21 sequências de diferentes táxons providos do banco de dados genômicos do NCBI, com estruturações filogenéticas demonstrando, em sua maioria, grande concordância à taxonomia tradicional.