Lutjanidae é uma família de peixes marinhos que engloba 21 gêneros e 135 espécies, distribuídas ao longo dos oceanos Atlântico, Índico e Pacífico. As relações filogenéticas dos Lutjaninae, maior e mais diversa subfamília do grupo, são incertas. Além disso, a espécie Lutjanus alexandrei, endêmica da costa nordeste do Brasil, não foi inclusa em nenhuma hipótese filogenética até o presente, tampouco teve sua população estudada em relação aos processos filogeográficos que influenciaram sua distribuição. Assim, realizamos dois trabalhos baseados em análises multilocos, integrando DNA mitocondrial e nuclear, com diferentes enfoques. Num primeiro momento, fizemos uma análise das espécies de Lutjaninae do Atlântico ocidental, direcionada para a controversa relação entre Lutjanus, Rhomboplites e Ocyurus, além de alocarmos filogeneticamente L. alexandrei e datarmos sua origem. Nesse âmbito, as árvores filogenéticas baseadas em 4,4 kb incluindo DNA mitocondrial e nuclear de 11 espécies corroboraram a sinonímia entre os monotípicos e Lutjanus. Para a datação de L. alexandrei, análises baseadas em 3,0 kb e 53 espécies, validaram geneticamente a espécie e a colocaram como irmã de L. apodus, da qual se separou entre 2,5 – 6,5 milhões de anos, o que provavelmente foi provocado pela barreira representada pelas descargas dos rios Amazonas e Orinoco. Na segunda parte da tese averiguou-se a estrutura e conectividade genética da população, além da história demográfica de L. alexandrei, em que recuperamos altos índices de variação genética e a existência de um único estoque genético, o que poderia ser explicado por dados de sua bioecologia, tais como dispersão larval, tempo de fase larval pelágica, entre outros, que poderiam contribuir substancialmente para a compreensão dos resultados aqui encontrados. Por fim, a história demográfica e os testes de neutralidade apontaram que L. alexandrei passou por expansão populacional durante o Pleistoceno. Este trabalho representa a mais robusta análise multiloci direcionada para a sinonimização dos três gêneros de Lutjaninae do Atlântico Ocidental e a primeira hipótese filogenética a propor um posicionamento e origem para L. alexandrei, além de ser a primeira análise filogeográfica realizada para a espécie de Lutjanidae mais recente descrita para o Atlântico ocidental.