A região do Extremo Oeste de Santa Catarina – EOSC apresenta uma grande riqueza de variedades crioulas de milho, evoluindo na presença do seu parente silvestre, em processo de domesticação. Indicada como um microcentro de diversidade do gênero Zea, a região de estudo contempla um sistema bimodal de produção de milho, ou seja, variedades crioulas e híbridos transgênicos e não transgênicos cultivados na mesma propriedade. Diante do potencial de cruzamento das variedades crioulas por fluxo gênico mediado por pólen entre milho híbrido convencional e transgênico, é premente a necessidade de avaliar os impactos biológicos e agronômicos da transgenia sobre a agrobiodiversidade. Diante do exposto, esse trabalho teve o objetivo de avaliar os impactos da transgenia, promovida pela inserção dos transgenes cry1F (resistência a Lepdópteros) pat (tolerância ao herbicida a base de glufosinato de amônio - HBGA) e cp4epsps (tolerância ao herbicida a base de glifosato - HBG) em híbridos isogênicos de milho, sob a reação de resistência a helmintosporiose, performance agronômica e fenologia de cultivares híbridas e variedade crioula, sob diferentes proporções de fluxo gênico. Para este estudo três híbridos isogênicos da série Biogene BG7060®, desenvolvidos pela Dupont do Brasil S.A/Pioneer – NGM não geneticamente modificado, híbrido Hx portador dos transgenes cry1F e pat (evento TC1507) e o híbrido Hxrr, portador do transgene cp4 epsps (evento NK603) combinado com o evento TC1507 – e a variedade crioula Rosado oriunda de Anchieta no EOSC. Por meio de polinizações manuais, foram desenvolvidas populações de milho crioulo contendo 25, 50 e 75% da composição genética de cada híbrido, separadamente, a fim de simular a ocorrência acidental de fluxo gênico reincidente. Como resultados, foram observados menores períodos de incubação e latência e maior incidência da helmintosporiose no híbrido Hxrr portador dos eventos TC1507 combinado com NK603 em relação ao híbrido isogênico NGM, sobretudo, sob aplicação de HBGA para o controle de plantas invasoras. Os híbridos isogênicos NGM, Hx e Hxrr foram afetados diferentemente quanto a resistência a helmintosporiose, fenologia, rendimento de grãos e seus componentes, em função da presença e quantidade de eventos em seu genoma. A resistência a helmintosporiose foi afetada pelo aumento do percentual dos genes dos híbridos na variedade crioula, particularmente em populações geradas a partir do híbrido que acumula a inserção de dois eventos. O fluxo gênico entre híbridos isogênicos e a variedade crioula Rosado causa efeitos diferentes entre os híbridos isogênicos NGM, Hx e Hxrr e os caracteres monocíclicos da helmintosporiose, fenologia, agronômicos e de rendimento do milho são influenciados pelo mesmo. São imprevisíveis os impactos biológicos do fluxo gênico entre híbridos e variedades crioulas, sobre a conservação da agrobiodiversidade do EOSC.