O presente trabalho foi desenvolvido no estuário do rio Jaboatão e sua pluma, com o objetivo principal de descrever a estrutura da comunidade fitoplanctônica e suas características ambientais. As amostras foram coletadas em oito estações, quatro em cada local, nas estofas de baixa-mares de sizígia. Foram aferidos dados dos parâmetros abióticos in situ: temperatura superficial da água, profundidade local e transparência da água; e coletadas amostras de água com garrafas Van Dorn para determinação do pH e oxigênio dissolvido, amônia, nitrito, nitrato, fosfato e silicato. As amostras para o estudo quantitativo do fitoplâncton foram coletadas com garrafas oceanográficas de Ninskin e posteriormente fixadas com solução de lugol, sendo analisadas através do método de sedimentação de Utermöhl. Para a análise qualitativa, realizada no estuário, as amostras foram coletadas com redes de plâncton com abertura de malha de 45 μm e imediatamente fixadas com formol neutro a 4%, sendo posteriormente analisadas em em câmaras de Sedgwick-Rafter Nas amostras de garrafa foram registrados 80 táxons, havendo um maior número de espécies ocorrendo na pluma do que no estuário, com 65 e 38 táxons, respectivamente. Na análise qualitativa foram registrados 123 táxons. As diatomáceas, em ambas as análises, foram o grupo mais representativo em termos de riqueza de espécies; já em termos de densidade as cianobactérias foram mais representativas. A diversidade e a equitabilidade foram em geral baixas no estuário devido à dominância da cianobactéria Microcystis aeruginosa, espécie oportunista e potencialmente tóxica. O estuário do rio Jaboatão é fortemente impactado, conseqüência dos menores valores de salinidade, oxigênio dissolvido e altas concentração de nutrientes, principalmente os componentes nitrogenados e o fosfato, indicativos do recebimento de altas cargas poluidoras. Valores positivos de AOU (média: +2.7 e +2.1 ml/L, para ambos os períodos sazonais) indicam altas taxas respiratórias e a modelagem do sistema indica altas taxas de respiração de matéria orgânica (produção-respiração) e uma permanente desnitrificação estuarina. A eutrofização do ambiente propiciou o surgimento de blooms significativos de M. aeruginosa. A pluma apresentou águas bem oxigenadas, salinas e de baixa concentração de nutrientes, indicando a influência do fluxo marinho na área e permitindo a dominância de outras espécies, contribuindo para o aumento da diversidade e melhorando a qualidade local. M. aeruginosa, considerando suas altas densidade, dominância e freqüência de ocorrência, foi considerada a espécie chave na área.