A presença de enzimas microbianas deteriorantes termoestáveis proteolíticas e lipolíticas pode comprometer a qualidade e vida útil do leite processado e derivados, mesmo que o leite cru apresente baixas contagens totais de micro-organismos. Além disso, as formas microbianas vegetativas ou esporuladas podem resistir à pasteurização e também atuarem como deteriorantes do leite pasteurizado. Como passo preliminar para redução dos micro-organismos deteriorantes no leite cru refrigerado, aumento da vida útil e do potencial tecnológico do leite pasteurizado, o presente trabalho teve como objetivo identificar a diversidade genética de micro-organismos psicrotróficos e termodúricos com potencial deteriorante proteolítico e/ou lipolítico no leite cru refrigerado de alta qualidade microbiológica. Foram avaliadas 20 amostras de leite cru refrigerado produzido na bacia leiteira da região de Castro, Paraná, nas quais foram utilizados métodos oficiais para a contagem e isolamento de psicrotróficos e termodúricos e técnicas biomoleculares de agrupamento genético hierárquico (Restriction Fragment Length Polymorphism) e caracterização (sequenciamento parcial do gene 16S rRNA e análise filogenética) dos isolados. As contagens médias de psicrotróficos e termodúricos foram 1,1 x 104 e 3,2 x 102 UFC/mL, respectivamente. Entre os psicrotróficos, 47,8% do total de isolados (n = 295) apresentaram atividade deteriorante, dos quais 30,5% foram proteolíticos e lipolíticos simultaneamente, 31,9% exclusivamente proteolíticos e 37,6% lipolíticos. Pelos dendrogramas foram determinados 36 clusters de psicrotróficos proteolíticos e 47 de lipolíticos com 70% de similaridade hierárquica, cuja identificação filogenética determinou o predomínio das espécies com os mesmos perfis polimórficos de Lactococcus lactis (24,5%), Enterobacter kobei (15,4%), Aerococcus urinaeequi (8,4%) e Acinetobacter lwoffii (6,3%) entre os psicrotróficos deteriorantes. Serratia ureilytica, Enterobacter kobei, Pseudomonas spp. e Yersinia enterocolitica foram os psicrotróficos identificados como potencialmente produtores de metaloprotease alcalina (aprX). Entre os termodúricos, 42,6% do total de isolados (n = 310) foram deteriorantes, dos quais 32,6% apresentaram atividade proteolítica e lipolítica simultaneamente, 31% exclusivamente proteolítica e 36,4% apenas lipolítica. Esses isolados proteolíticos e lipolíticos foram agrupados em 41 e 38 clusters, respectivamente, considerando 50% de similaridade. A análise filogenética das sequências parciais do gene 16S rRNA revelou que predominam entre os termodúricos deteriorantes as espécies Bacillus licheniformis (34,1%), Brachybacterium nesterenkovii (14,4%), Enterococcus faecalis (9,1%) e Streptococcus agalactiae (8,3%). Foi observado que 50% das cepas de termodúricos pertencem aos gêneros Bacillus e Paenibacillus, frequentemente descritos como esporulados que resistem a tratamentos térmicos mais intensos que a pasteurização e que comprometem a vida útil do leite pasteurizado dos Estados Unidos. Os resultados do presente trabalho demonstram que a composição da microbiota é tão importante quanto a sua quantificação. Apesar de baixas contagens, psicrotróficos e termodúricos podem comprometer a qualidade do leite e derivados pela sua atividade deteriorante, sendo um fator limitante na manutenção da qualidade do leite fluido e derivados. Portanto, é necessário desenvolver ferramentas sensíveis e eficientes para monitorar e controlar a presença desses micro-organismos no leite cru.