Ao longo da costa brasileira, o manguezal é um ecossistema de alta relevância ambiental. Moluscos, crustáceos e poliquetas são grupos da fauna diversos e comuns em manguezais de importância ecológica e econômica. O presente estudo tem como objetivo caracterizar a macrofauna associada a troncos de dois manguezais do estado do Pará, norte do Brasil, amostrados em setembro, janeiro e abril, entre 2008 e 2010, em três diferentes distâncias do canal de maré (2, 10, 20 m). Em cada manguezal, uma área de 20 por 250 m foi vistoriada e 5 troncos (diâmetro/comprimento: 10/40 cm) foram selecionados aleatoriamente a cada distância, totalizando 15 troncos por data de amostragem. A macrofauna foi removido, contadas e identificadas. Análise de Variância de três fatores foi utilizada para comparar os valores médios por tronco do número de indivíduos, número de táxons e dominância Berger-Parker da macrofauna entre os manguezais, datas de amostragem e distâncias do canal de maré. Escalonamento não-métrico Multidimensional e Análise de variância por permutação foram utilizados para investigar a estrutura da macrofauna em relação aos três fatores. Um total de 5437 indivíduos foi encontrado nos manguezais, com 85 táxons distribuídos em quatro filos: Mollusca, Annelida, Arthropoda e Nemertea. Abundância aumentou de setembro (1397), através de Janeiro (1459) e Abril (2581), nos manguezais. A espécie mais dominante foi Neoteredo reynei, representando 48% da abundância total. A macrofauna foi representada por organismos estuarinos e terrestres. Não houve diferenças significativas em qualquer variável entre os dois manguezais e entre as três distâncias. Os troncos representam um microhabitat estável para a macrofauna, com pouca variação de umidade, temperatura, salinidade, apesar de diferentes distâncias do canal de maré. No entanto, houve variação significativa na estrutura da macrofauna entre datas de amostragem para as três variáveis, devido as diferenças sazonais da precipitação e salinidade.