Contaminantes emergentes são compostos frequentemente encontrados em baixas concentrações nos ecossistemas aquáticos e que podem ocasionar danos à biota local, mas que ainda não possuem leis que regularizem seu descarte nesses ambientes. Produtos farmacêuticos e de higiene pessoal merecem destaque nesta categoria de contaminantes, uma vez que são substâncias de uso diário relacionadas à saúde e bem-estar da espécie humana. Diante disso, o objetivo deste trabalho foi avaliar os efeitos de dois contaminantes emergentes, cafeína e triclosan, para o peixe Neotropical Prochilodus lineatus, por meio de diferentes biomarcadores, após 24 e 168 h de exposição. Para isso, peixes jovens foram colocados em aquários contendo água limpa (CTR), concentrações de cafeína de 0,3; 3 e 30 μg.L-1 (CAF 0,3; CAF 3 e CAF 30), concentrações de triclosan de 0,1; 1 e 10 μg.L-1 (TCS 0,1; TCS 1 e TCS 10) ou metanol (solvente do triclosan). Dos resultados obtidos pode-se destacar que a cafeína aumentou a atividade de enzimas de biotransformação no fígado e diminui no cérebro após 168 h, porém isto não se refletiu num estado de estresse oxidativo. A cafeína também interferiu na osmorregulação de P. lineatus tanto em 24 h quanto em 168 h, promovendo alterações nas concentrações plasmáticas de alguns íons e redução na atividade branquial de ezimas de transporte iônico. O comportamento na natação de P. lineatus também foi afetado pela cafeína, porém esta interferência parece não estar relacionada com a atividade da acetilcolinesterase muscular. Por sua vez, o triclosan foi mais tóxico para P. lineatus ocasionando a morte de alguns indivíduos e promovendo danos oxidativos no fígado dos peixes expostos à maior concentração (TCS10) durante 168 h. Assim, o aumento do conteúdo hepático de glutationa, principal antioxidante não enzimático, verificado em todos os tratamentos com TCS, após 168 h de exposição não foi suficiente para evitar danos oxidativos. Em conjunto, esses resultados mostram que a exposição ao triclosan causa danos mais severos no fígado enquanto a cafeína atua mais nas brânquias e no sistema nervoso, influenciando o comportamento de P. lineatus. Além disso, cabe ressaltar que tanto a cafeína como o triclosan precisam ser incluídos na legislação ambiental, uma vez que a presença destes contaminantes em corpos de água promovem alterações significativas na homeostase de uma espécie de peixe Neotropical.