Podocnemis sextuberculata é uma das menores espécies do gênero Podocnemis, com distribuição no Brasil, Colômbia e Peru. No Brasil é abundante em rios de águas brancas e claras. Essa espécie possui um padrão de movimentação sazonal, migrando das áreas de floresta alagada, onde ficam durante a cheia dos rios, para os corpos d´agua principais (rios, lagos, paranãs, ressacas) durante a seca. Portanto, os monitoramentos populacionais, realizados por meio do método de captura-recaptura, podem ser influenciados pela variação do nível da água. O objetivo desse estudo foi avaliar a estrutura populacional de Podocnemis sextuberculata na Reserva de Desenvolvimento Sustentável Mamirauá e a influencia do nível da água nos parâmetros populacionais e na taxa de captura desta espécie na região. Foram realizadas duas etapas de coleta de dados. A primeira etapa consistiu em monitoramentos anuais no período de vazante nos anos de 2011 a 2014, em sete locais: Jarauá, Ressaca do Putirí, Lago Jutaí, Ressaca do Bóia, Ressaca do ferro, Horizonte e Lago Mamirauá. Na segunda etapa foram realizados monitoramentos mensais ao longo de 2013, exceto nos meses de setembro e novembro, no lago Jutaí. As tartarugas foram capturadas com malhadeiras do tipo trammel nets e de malha simples. Foram capturados 770 indivíduos, sendo 445 machos, 277 fêmeas e 49 indivíduos juvenis. A taxa de recaptura foi 2,8%. Os indivíduos capturados apresentaram um comprimento retilíneo da carapaça (CRC) médio de 186,4 ± 1,6 mm (min = 151; max = 261) para machos e de 210,1 ± 3,9 mm (min = 150; max = 308) para as fêmeas. A razão sexual apresentou diferença significativa (5 ♂ : 1), esta razão sexual desbalanceada a favor dos machos predominou em todos os locais e anos de amostragem. Quanto à estrutura populacional, a curva de distribuição de classes de tamanho por CRC de machos apresentou uma distribuição normal, com maior frequência nas classes entre 180 - 190 mm. Para as fêmeas a maior frequência foi nas classes entre 170 - 180 e 200 - 210 mm. Houve uma maior captura de indivíduos adultos (71.6%), e uma menor captura de juvenis (6%), a captura de machos adultos foi maior em relação às fêmeas adultas (86%). O tamanho de malha das trammel nets selecionou o tamanho dos animais capturados como também influenciou a proporção sexual entre os métodos de captura. A média do índice de captura para todo o estudo foi de 0,12 ± 0,14 indivíduos/ m²/hora. Os locais e anos estudados apresentaram diferenças estatisticamente significativas em relação ao índice de captura. O período sazonal (vazante, seca, enchente ou cheia) influenciou o índice de captura e a razão sexual de P. sextuberculata. Maior número de indivíduos foi capturado durante a vazante, sendo que maior número de machos foram capturados logo no inicio do período e fêmeas no final. Diante disso o nível da água pode, portanto, estar afetando os resultados do monitoramento na RDS Mamirauá tanto quanto à razão sexual e quanto ao número de indivíduos capturados e à estrutura de classes de tamanho.