Estuários são corpos d’água costeiros, semiconfinados, conectados com o oceano, onde ocorre diluição gradativa da água do mar por meio da água doce oriunda de aporte continental. São ambientes que oferecem uma dinâmica natural intensa provocada por variações nas características físicas e químicas, influenciadas pelo regime de marés, pluviosidade e aporte de nutrientes. Possuem elevada produtividade primária e são compostos por diferentes habitas, como planície de maré, praias estuarinas e manguezais, fornecendo proteção, alimentação e condições favoráveis à reprodução e crescimento para inúmeras espécies. O presente trabalho objetiva compreender os padrões de distribuição espaço-temporal da ictiofauna estuarina do rio São Mateus. Coletas mensais, entre julho/14 a junho/15, foram realizadas em quatro pontos amostrais, localizados desde a parte externa até a área superior do canal principal do estuário do rio São Mateus. Em cada ponto amostral, foram realizados três réplicas com rede de arrasto de fundo, concomitante a coleta de parâmetros abióticos (temperatura, salinidade, turbidez e profundidade). Variações significativas dos parâmetros abióticos ocorreram nas estações do ano e nos pontos amostrais. A assembleia de peixes foi composta em sua maioria por espécies de origem marinha e demersais. A variação sazonal na ecoclina estuarina, principalmente o gradiente de salinidade, definiu a distribuição e movimento das espécies ao longo do estuário do rio São Mateus. Foram identificadas 69 espécies, dentre as quais apenas 19 predominaram a fauna da área. As espécies Bagre bagre, Pellona harroweri, Odontognathus mucronatus, Nebris microps e Macrodon ancylodon ocuparam exclusivamente o ambiente marinho, registrados apenas na área externa do estuário. As espécies Cathorops spixii, Genidens genidens, Achirus lineatus, Chloroscombrus chrysurus, Lycengraulis grossidens, Pomadasys ramosus, Ophioscion punctatissimus, Isopisthus parvipinnis, Paralonchurus brasiliensis, Stellifer rastrifer, Stellifer sp., Stellifer brasiliensis e Sphoeroides testudineus, mostraram maior plasticidade em relação à tolerância ao gradiente salino apresentando flutuações sazonais em suas abundâncias. A espécie Pseudoauchenipterus affinis foi a principal responsável pelo aumento nas médias de densidade e biomassa de peixes na área superior. Desta forma, o estuário do rio São Mateus é muito importante para manutenção da biodiversidade, pois fornece condições favoráveis para reprodução, proteção e crescimento para uma grande diversidade de espécies de peixes