Salmonella spp. é reconhecida como uma das bactérias que mais causam doenças de origem
alimentar no mundo. Dentre as diversas sorovariedades de Salmonella, a Typhimurium é uma
das sorovariedades de maior ocorrência no mundo. Várias metodologias de tipagem
fenotípicas e genotípicas foram desenvolvidas com o intuito de se delinear a epidemiologia e
diversidade genotípica de Salmonella Typhimurium. Entretanto, a tipagem fenotípica é muitas
vezes limitada por sua baixa capacidade de diferenciação de subtipos pertencentes a uma
mesma sorovariedade de Salmonella, um problema minimizado pelos métodos genotípicos.
No Brasil, foram realizados poucos estudos que genotiparam linhagens de S. Typhimurium.
Os objetivos deste estudo foram caracterizar linhagens de S. Typhimurium isoladas de
humanos, alimentos, animais e ambiente do animal no Brasil quanto ao seu potencial
patogênico, perfil de resistência a antimicrobianos e diversidade genotípica. Foram estudadas
119 linhagens de S. Typhimurium, isoladas de material clínico de humanos (43), alimentos
diversos (49), material clínico de suínos (22) e do ambiente de suínos (5), entre 1983 e 2013,
provenientes de várias Estados do Brasil. A presença de 12 genes de virulência foi pesquisada
por PCR. O perfil de resistência a 13 antimicrobianos foi realizado pelo método de discodifusão.
A tipagem molecular foi realizada por Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE),
Enterobacterial repetitive intergenic consensus PCR (ERIC-PCR), Multiple-locus variablenumber
tandem-repeats analysis (MLVA), Clustered regularly interspaced short palindromic
repeats - Multi-virulence locus sequence typing (CRISPR-MVLST), Multilocus sequence
typing (MLST) e sequenciamento do genoma completo para 92 linhagens de S. Typhimurium
isoladas de humanos (43) e alimentos (46). As metodologias PFGE, ERIC-PCR e MLVA
foram realizadas para 70 linhagens de S. Typhimurium isoladas de humanos (43), animais
(22) e ambiente do animal (5). Todas as 119 linhagens apresentaram os genes sipA, flgK, flgL
e invA. O gene sipD e o gene sopE2 foram encontrados em 118 (99,2%) linhagens. O gene
fljB foi encontrado em 117 (98,3%) linhagens. O gene sopD foi presente em 114 (95,8%)
linhagens, o gene sopB em 111 (93,3%) linhagens, o gene ssaR em 102 (85,7%) linhagens, o
gene sifA em 86 (72,3%) linhagens e 45 (37,8%) linhagens apresentaram o gene plasmidial
spvB. De um total de 119 linhagens, 64 (62,2%) linhagens foram resistentes a pelo menos um
dos 13 antimicrobianos testados, sendo que 36 (30,3%) linhagens foram multi-droga
resistentes (MDR). Na comparação dos isolados de humanos e alimentos, as linhagens
isoladas de humanos antes de meados 1990, ficaram alocadas nos grupos PFGE-A, PFGE-B1,
PFGE-B2, ERIC-A, ERIC-B, MLVA-A, MLVA-B1, MLVA-B2 e G1, G2, H para CRISPRMVLST.
As linhagens isoladas de humanos após esse período ficaram alocadas nos grupos
PFGE-B1, ERIC-A, MLVA-B1, MLVA-B2 e G2. As linhagens isoladas de alimentos ficaram
alocadas nos grupos PFGE-A, PFGE-B1, ERIC-A, ERIC-B, MLVA-A, MLVA-B1, MLVAB2,
G1 e G2. Por MLST, do total de 92 linhagens isoladas de humanos e alimentos, 77
linhagens foram tipadas como ST19. Pelo sequenciamento do genoma completo, as linhagens
isoladas de alimentos e humanos ficaram alocadas no grupos I e J independente das datas de
isolamento. Na comparação dos isolados de humanos e animais, as linhagens das duas origens
ficaram alocadas nos grupos PFGE-D1, PFGE-D2, ERIC-C1, MLVA-C1 e MLVA-D.Conclui-se que a grande prevalência de genes de virulência nas linhagens de S. Typhimurium
estudadas reforça o potencial das mesmas causarem doenças em humanos, bem como, os
riscos de sua presença em alimentos, animais para consumo humano e ambiente. A ocorrência
de S. Typhimurium multi-droga resistentes isoladas de alimentos diversos e de suínos para
consumo é um alerta para o possível risco de humanos ingerirem alimentos contaminados por
tais linhagens. Em conjunto os resultados de PFGE, ERIC-PCR, MLVA, CRISPR-MVLST
sugerem que as linhagens de S. Typhimurium isoladas de humanos eram geneticamente mais
diversificadas antes de meados de 1990, o que pode sugerir a seleção de um subtipo de S.
Typhimurium mais adaptado, depois que Salmonella Enteritidis tornou-se a sorovariedade de
maior ocorrência no Brasil após esse período. Com relação às linhagens isoladas de alimentos,
os resultados de PFGE, ERIC-PCR, MLVA e CRISPR-MVLST sugerem que durante o
período estudado houve a circulação de mais de um subtipo no país. Os resultados de MLST
sugerem que tais linhagens tenham uma origem filogenética comum. Os resultados do
sequenciamento do genoma completo sugerem que houve a circulação de mais de um subtipo
de S. Typhimurium no país, com relação às linhagens de humanos e alimentos. Também alerta
para o possível risco de linhagens MDR isoladas de alimentos contaminarem humanos e/ou
disseminarem genes de resistência a antibióticos para linhagens de origem clínica e não
clínica. Na comparação dos isolados de humanos e animais, os resultados de PFGE, ERICPCR
e MLVA sugerem que algumas linhagens isoladas de suínos e humanos podem
descender de um subtipo comum. Ademais, as linhagens MDR isoladas de suínos e do
ambiente de suínos alertam para o possível risco de porcos usados para consumo
contaminarem humanos, o ambiente e outros porcos.