Streptococcus pneumoniae é um importante agente causal de doenças como otite, sinusite, pneumonias e meningite, que coloniza a nasofaringe de indivíduos sadios, principalmente as crianças. Um importante fator de virulência do S. pneumoniae é a cápsula polissacarídica, com mais de 90 sorotipos distintos conhecidos na atualidade. Outro fator a ser observado em amostras de S. pneumoniae é a resistência a antimicrobianos, com altas taxas de isolados resistentes a penicilina, eritromicina e sulfametoxazol-trimetoprim. Uma medida de proteção contra as doenças pneumocócicas foi a introdução da vacina pneumocócica 10 valente no calendário público brasileiro em 2010, e, por esse motivo, os estudos de prevalência dos sorotipos envolvidos no processo de colonização são importantes porque possibilitam a avaliação do impacto vacinal na comunidade. Este estudo teve como objetivo estabelecer a taxa de colonização entre crianças menores de cinco anos de idade, no período entre 2010 e 2011, considerado período pré-vacinal, determinar os fatores de risco para a colonização pneumocócica nesta população, verificar o estado de portador de S. pneumoniae entre as crianças estudadas, três anos após a introdução da vacina pneumocócica, além de realizar a tipagem e o perfil de sensibilidade aos antimicrobianos das amostras isoladas nos dois períodos. Em paralelo, nosso estudo propôs um meio de cultura para triagem de S. pneumoniae não susceptíveis a penicilina a partir do isolamento primário. Foram coletados 464 swabs, sendo 389 entre 2010-2011 e 75 em 2014. Os swabs foram esgotados em meios ágar sangue com gentamicina e meio ágar sangue com gentamicina e penicilina. Para as últimas 75 crianças foram coletados dois swabs, sendo que o primeiro foi esgotado nos mesmos meios de cultivo da primeira fase e o segundo swab foi transportado em meio skin milk tryptone glucose glycerol (STGG), estocado a -80 °C e posteriormente utilizado para pesquisa de S. pneumoniae em cultivo de enriquecimento e PCR em tempo real (qPCR). A taxa de colonização pneumocócica foi de 53,7%, sendo o sorotipo 6A/B (72/195) o mais prevalente na fase pré-vacinal. Em relação a susceptibilidade a penicilina, 65,4% (128/195) foram não susceptíveis a penicilina. A localização geográfica da creche proporcionou proteção moderada para a colonização pneumocócica, enquanto a permanência na creche entre 25 e 36 meses aumentou o risco para a colonização pneumocócica. Na segunda etapa, das 75 crianças participantes, em 47 (62,6%) foi detectada presença do pneumococo, sendo que em 34 (45,3%) a bactéria foi isolada no cultivo primário, em 7 (9,3) foi recuperada a partir do enriquecimento e em 6 (8%) o pneumococo foi detectado por meio da técnica de qPCR. Das 54 crianças colonizadas por S. pneumoniae na primeira etapa, 34 (63%) permaneceram colonizadas. Quanto a susceptibilidade a penicilina, 58,5% (24/41) foram não susceptíveis a penicilina. Em relação ao meio proposto, este mostrou alta sensibilidade (91%) e alta especificidade (100%), possibilitando seu uso em estudo de vigilância a pneumococos não susceptíveis a penicilina em portadores assintomáticos. Este estudo aponta para altas taxas de colonização pneumocócicas, e altas taxas de isolados resistentes a penicilina, sendo que uma possível substituição dos sorotipos pode ser observada três anos após a vacinação pneumocócica.