O estudo relata os aspectos morfológicos em microscopia de luz (ML) e eletrônica de varredura de coccídios e de mixosporídios encontrados parasitando brânquia, vesícula biliar e fígado, do peixe teleósteo H. malabaricus (Bloch, 1794), coletados nos municípios de Cachoeira do Arari e Salvaterra Ilha de Marajó/PA. A prevalência de infecção foi de 70% para mixosporidiose e 100% para a coccidiose. Na mixosporidiose por Myxobolus, os cistos contendo os esporos estavam localizados entre os filamentos branquiais, com formato alongado e coloração esbranquiçada; os esporos com corpo piriforme, medindo 11,87 ± 0,74 μm de comprimento e 7,65 ± 0,43 μm de largura e apresentavam duas cápsulas polares com 5,04 ± 0,38 μm de comprimento e 2,32 ± 0,15 μm de largura, contendo um filamento polar com aproximadamente 5-7 voltas. Na mixosporidiose por Ellipsomyxa, os plasmódios dispóricos com formato irregular e os esporos alongados, estavam localizados na parede e luz da vesícula biliar, respectivamente. Os esporos de Ellipsomyxa apresentaram os seguintes dados morfométricos: comprimento de 6,7 ± 0,22μm, largura de 3,25 ± 0,27μm, apresentando duas cápsulas polares iguais de 1,97 ± 0,30μm de comprimento e 1,87 ± 0,44μm de largura; o número de voltas do filamento polar variou de 5 a 6 voltas. Com base na morfologia dos esporos, conclui-se que as espécies pertencem à família Myxobolidae, gêneros Myxobolus e Ellipsomyxa, e provavelmente indicam serem espécies novas. Na coccidiose, os oocistos estavam disseminados em todo parênquima hepático, e de acordo com a morfologia observada em ML (vacúolos parasitóforos contendo 4 espocistos, cada um com 2 esporozoítos), concluise que esta espécie pertence à família Calyptosporidae, gênero Calyptospora. Esses dados permitem descrever um novo hospedeiro para Myxobolus, Ellipsomyxa e Calyptospora.