O objetivo deste estudo foi comparar a morfologia condilar de pacientes com hiperplasia condilar unilateral e pacientes com deformidade dentofacial Classe III por meio de tomografia computadorizada de feixe cônico (TCFC). Foram realizados dois estudos independentes, o primeiro com pacientes que procuraram o Departamento de Cirurgia Oral e Maxilofacial da Universidad de La Frontera - Chile, para tratamento de deformidade e assimetria facial. Foram selecionados 30 pacientes, 15 com HC e 15 com deformidade dento facial Classe III. Foram realizadas medidas lineares dos côndilos em uma escala de 1: 1 utilizando o software Ez3D Viewer Plus (Vatech, Yongin, Coréia). O segundo estudo utilizou 20 TCFC, com o objetivo de medir o volume condilar. A amostra foi dividida em dois grupos: 10 de pacientes com HC e 10 de pacientes com deformidade dentofacial Classe III. As imagens foram reconstruídas volumetricamente pelo software Dolphin 3D (Dolphin Imaging & Management Solutions, Chatsworth, EUA). Este software foi utilizado para medir o volume do côndilo acima do ponto mais profundo da incisura da mandíbula, o desvio da linha média dentária mandibular e o trespasse horizontal dos dentes. No estudo I, os pacientes com HC apresentaram diferenças estatísticas entre o côndilo hiperplásico e côndilo não hiperplásico para o diâmetro anteroposterior e médio-lateral, comprimento do colo do côndilo e altura do ramo mandibular. Os pacientes com uma relação esquelética Classe III não apresentaram diferenças estatisticamente significativas entre os lados direito e esquerdo. A morfologia dos côndilos destes pacientes foi semelhante aos côndilos com hiperplasia e apresentou diferença estatisticamente significativa quando comparado com côndilos não hiperplásicos (one-way ANOVA, p <0,05). No estudo II, o côndilo com hiperplasia mostrou maior volume (1,97 ± 0,52 cm3) e apresentou diferença estatisticamente significativa em relação ao côndilo contralateral (X2=14,30; p<0,01). Os pacientes com deformidade dentofacial Classe III mostraram simetria do volume entre os lados direito e esquerdo, e os côndilos apresentaram maior volume em relação aos côndilos não hiperplásicos no grupo com HC, com uma diferença estatisticamente significativa (X2= 6,22; p=0,013/ X2=5,50; p=0,019). A morfologia condilar, medidas lineares e volumétricas, de côndilos hiperplásticos foram semelhantes às dos côndilos de pacientes com prognatismo mandibular. Estes resultados sugerem um indicativo sobre a possibilidade de alguns pacientes com deformidade dentofacial Classe III apresentam hiperplasia condilar bilateral.