Macrodon é um gênero da família Sciaenidae. Até a última década tinha uma única espécie com ocorrência ao longo do Atlântico Sul Ocidental, Macrodon ancylodon, com uma distribuição desde a Venezuela à Argentina. Entretanto, dados moleculares revelaram a existência de duas espécies para esta área, como produto de especiação alopátrica. Assim, a atual área de ocorrência de M. ancylodon se estende da costa da Venezuela ao nordeste do Brasil, estado da Bahia, enquanto que a nova espécie, revalidada como M. atricauda distribui-se desde a costa do estado do Espirito Santo, Brasil, até a Argentina. No presente trabalho, utilizando marcadores mitocondriais e nucleares, avaliou-se a estrutura populacional e filogeografia de M. ancylodon, com o intuito, principalmente, de testar a hipótese de diferenciação genética para esta espécie ao longo de sua área de ocorrência, uma vez que análises prévias sugeriram subestruturação populacional. Os resultados baseados em dados mitocondriais mostraram a existência de dois estoques genéticos, denominados de grupos A e B, com uma sútil diferenciação entre os dois grupos. O estoque "A" inclui as localidades da Venezuela, Amapá, Pará e Piauí, e "B" inclui Pernambuco, Sergipe e Bahia. A diferenciação em dois estoques parece ser consequência da ramificação da corrente sul equatorial. Sobre a diferenciação dentro de cada estoque, os resultados indicam que o grupo A pode ter sofrido redução populacional seguida de expansão. Já para o grupo B, pode-se inferir que seja reflexo do pequeno tamanho amostral da população de Pernambuco, uma vez que outros testes não corroboram esse padrão. Para os dados nucleares, apenas o FST para o intron Miostatina revela uma possível diferenciação entre a Venezuela e as demais localidades amostradas. As demais análises recuperam uma população panmítica ao longo de sua distribuição. As análises com os dados nucleares não excluem a existência dos dois estoques, como mostrados pelo gene Cytocromo b. A explicação é que os loci nucleares possuem coalescência mais ancestral em relação ao DNA mitocondrial, sendo assim, podem não evidenciar processos recentes de separação de linhagens.