Aumentar a qualidade do produto a ser consumido é um desafio constante para os melhoristas de plantas, sobretudo em relação às hortaliças. Associar boa qualidade de frutos de pimenta com resistência a doenças tem sido objetivo de programas de melhoramento de Capsicum em diversas regiões. No Brasil, para que uma nova cultivar tenha sua proteção efetivada é necessário à realização de ensaios de DHE (Distinguibilidade, Homogeneidade e Estabilidade), requisito comum aos países membros da International Union of Protection of Plant Varieties (UPOV). O teste de DHE para Capsicum spp. é baseado em descritores qualitativos e quantitativos. Neste trabalho descreve-se a execução de ensaios de DHE para efetuar o pedido de proteção de linhagens de pimenta (C. annuum var. annuum) resistentes à mancha bacteriana, discutem-se a relevância de alguns descritores para o processo de proteção, além disso, relata a caracterização molecular e de atributos de qualidade dos frutos de duas linhagens identificadas como aptas a proteção. Quatro linhagens de C. annuum var. annuum resistentes à mancha bacteriana desenvolvidas pelo Programa de Melhoramento Genético de Capsicum da UENF foram testadas em casa de vegetação nos períodos de Junho a Novembro de 2013 e Janeiro a Julho de 2014, em Campos dos Goytacazes-RJ. A cultivar Jalapeño M foi utilizada como testemunha. As linhagens foram distribuídas em delineamento de blocos ao acaso, com cinco repetições e sete plantas por parcela. Além dos 48 descritores estipulados pela legislação para o DHE em Capsicum, incluiu-se um descritor para a resistência à mancha bacteriana. Para as linhagens aptas a proteção avaliou-se ainda as seguintes características relativas à qualidade dos frutos: comprimento e diâmetro médio; espessura média do pericarpo; teor de sólidos solúveis (SST); acidez titulável (AT); relação SST/AT; teor de vitamina C em frutos imaturos e maduros; concentração de capsaicinoides. Para a caracterização molecular utilizou-se marcadores SSR e AFLP. Os descritores que permitiram a distinção variaram para cada linhagem. Apesar de serem distintas em alguns descritores as linhagens L1 e L2 não foram homogêneas e estáveis. As linhagens L6 e L8 se caracterizaram pela homogeneidade e estabilidade. Entre os descritores que permitiram a distinção entre as linhagens estão o formato do fruto, a presença de capsaicina, o número de dias até o florescimento e a resistência à mancha bacteriana. Houve diferença altamente significativa entre as linhagens para todos os caracteres quantitativos de qualidade de frutos avaliados. A linhagem L6 se caracterizou por pimentas com frutos não pungentes, com dimensões médias de 35,22 mm de comprimento e 23,79 mm de diâmetro. A linhagem L8 é pungente, com concentração de capsaicina entorno de 13,05 µg/10mg, dihidrocapsaicina 21,53 µg/10mg e a nordihidrocapsaicina 9,85 µg/10mg, além de comprimento médio de 53,01 mm e diâmetro de 21,55mm. As linhagens L6 e L8 possuem frutos com alto teor de vitamina C (204,6 e L8 202,9 mg/100g, respectivamente), sólidos solúveis (10,1 e 8,18 °Brix, respectivamente), coloração verde quando imaturos e vermelha quando maduros, considerados grandes atributos de interesse ao mercado destas cultivares. Os marcadores SSR não possibilitaram a distinção entre as linhagens analisadas, enquanto os marcadores AFLP produziram 158 bandas, das quais 42,4% foram polimórficas, auxiliando na distinção entre as linhagens. As linhagens L6 e L8 atenderam as exigências de DHE, foram denominadas como ‘UENF CARIOQUINHA’ e ‘UENF CARIOCA’, respectivamente, e foram submetidas ao processo de proteção junto ao Ministério da Agricultura Pecuária e Abastecimento.