Maranta arundinacea é uma planta nativa da América do Sul, apresenta potencial econômico como uma matéria prima não convencional para amido, através de seus caules subterrâneos denominados rizomas. Devido à falta de informações sobre o número de espécies, o risco de extinção e o crescente interesse no uso e na comercialização de seu amido fazem da M.arundinacea uma espécie ideal para estudos moleculares. Assim, o objetivo deste trabalho foi a identificação de quatro acessos de M. arundinacea denominados de Comum, (CeTeAgro); SC, Guadalupe e Seta (EMBRAPA-CENERAGEM) através dos genes cloroplastidiais matK e o rbcL, e avaliar a similaridade genética, através de marcadores moleculares RAPD. Para análise de RAPD utilizou-se 25 primers, destes, o primer OPA 02 foi selecionado por apresentar maior número de bandas polimórficas. Através do coeficiente de similaridade de Jaccard, juntamente com o teste de UPGMA, foi possível estabelecer dois grupos distintos, Grupo I (Comum) e Grupo II (SC, Guadalupe e Seta). A identificação dos acessos por meio dos genes cloroplastidiais matK e o rbcL, foram submetidas por busca BLAST (GenBank) e BOLD Systems, resultando em 99,66 a 100% de identidade para o gene matK e rbcL, respectivamente, dos quatro acessos estudados, comparados com M. arudinacea. A construção da árvore filogenética, utilizando o gene rbcL, realizada por Neighbor-Joining, observou-se após a separação do grupo externo, um grande grupo de M. arundinacea contendo os acessos SC, Guadalupe, Seta e o acesso do banco de doados M. arundinacea (3845927560), não apresentado diferenças entre eles. Outro grupo interno foi constituído por Comum e o acesso do banco de dados M. arundinacea (JQ592613.1), evidenciando que o Comum se diferenciou dos demais acessos SC, Guadalupe e Seta, entretanto indicando que todos os acessos são da espécie M. arundinacea.