O Papiloma Vírus Humano (HPV) é o principal agente etiológico do câncer do trato ano-genital. Uma maior prevalência e incidência de desenvolvimento do carcinoma e doenças associadas ao HPV têm sido observadas em indivíduos infectados pelo HIV. A história natural da infecção pelo HPV ainda não está totalmente elucidada, assim como a resposta imune que ocorre na co-infeção pelo HIV/HPV,principalmente na mucosa anal. Objetivo do presente estudo foi avaliar a resposta imune “in situ” em amostras de biópsias de indivíduos infectados pelo HIV em acompanhamento no Instituto Nacional de Infectologia/FIOCRUZ, RJ. Um total de 114 biópsias foi analisado através de Tissue Micro-Array, sendo 15 de indivíduos Não infectados pelo HIV, todos sem lesão, e 99 de indivíduos Infectados pelo HIV: 21 sem lesão, 39 com NIA1, e 39 com NIA2/3. Foi realizado PCR e sequenciamento para identificação do DNA de HPV e imunohistoquímica para análise dos marcadores imunes CD4, CD8, Foxp3, T-bet e IL-10 e SLPI. A análise estatística foi feita no software SPSS 15.0 aplicando os testes: Kruskall-Wallis, Teste Qui-quadrado e Teste Exato de Fisher. Pacientes Infectados pelo HIV com NIA 2/3 apresentaram nadir CD4+ <50 cél/mm³ comparados aos pacientes normais (p = 0,01). Quanto aos marcadores imunes, indivíduos Infectados pelo HIV apresentaram uma maior expressão de Foxp3 e IL-10 de acordo com a gravidade da lesão (p= 0,002). Coeficiente de correlação positiva foi encontrada entre FoxP3 e IL-10 (r=0,34; p=0,27). Observamos que 93,4% (101/107) das amostras apresentaram DNA de HPV, sendo os tipos de HPV mais prevalentes: o HPV 16 (26,9%), seguido dos HPV 6 (15,7%), HPV 59 (13%) e HPV 18 (10,2%). Interessantemente amostras de indivíduos que apresentavam DNA de HPV de alto risco oncogênico foram negativas para SLPI bem como houve uma menor expressão em amostras com NIA 2/3 comparadas ao grupo sem lesão em indivíduos Infectados pelo HIV, mostrando uma correlação inversa com o tipo de HPV e grau de lesão. Sugerimos que os indivíduos infectados pelo HIV apresentem grandes chances de desenvolverem o câncer anal, devido à alta prevalência do HPV 16 e alta expressão de IL-10 (Th2) e Foxp3 (células T reguladoras), os quais poderiam estar inativados.Também foi observado pela diminuição de células T-bet (resposta Th1), nestas lesões de alto grau. A maioria dos indivíduos infectados pelo HIV, já foram expostos aos 4 tipos de HPV da atual vacina quadrivalente. Sugerimos que a vacinação contra o HPV deve ser considerada como medida profilática para reduzir o risco de desenvolvimento de lesões intraepiteliais anais nos indivíduos Infectados pelo HIV. Nosso estudo parece ser o primeiro a descrever a associação de SLPI como biomarcador de câncer em amostras de lesões anais, e a descrever o fator de transcrição T-bet em lesões anais.