As principais espécies em evidência na aquicultura brasileira, principalmente no estado do Ceará, são a tilápia do Nilo (Oreochromis niloticus) e o camarão branco do Pacífico (Litopenaeus vannamei). Para o monitoramento genético destes animais, o desenvolvimento de marcadores moleculares de DNA, como os microssatélites, tem proporcionado um grande avanço para aquicultura. Com isso, foram desenvolvidos estudos de aplicação de microssatélites para a tilápia do Nilo na caracterização de cinco planteis e para análise de associação de genótipos ao sexo e para o camarão branco do Pacífico na validação parental através da utilização de PCR multiplex com marcação de fragmentos. Para a tilápia do Nilo, amostras de nadadeira caudal foram coletadas dos respectivos planteis, Fortaleza (n=30), Amanarí (n=28), Horizonte (n=30), Itaitinga (n=30) e Russas (n=29) localizados no estado do Ceará (CE). Quatro marcadores de microssatélites foram selecionados para genotipagem e para a identificação de alelos associados ao sexo, o marcador UNH104 foi avaliado para a associação ao sexo em uma população cultivada de reprodutores de tilápia (50 machos e 50 fêmeas) em uma larvicultura comercial localizada no município de Jaguaribara-CE. Todos os marcadores utilizados se mostraram polimórficos. O loco UNH231 foi o único que apresentou um padrão consistente de desequilíbrio de Hardy-Weinberg na maioria dos planteis. Houve uma redução da heterozigosidade média esperada (He=0,733) em relação a heterozigosidade média observada (Ho=0,575). Todos os planteis apresentaram níveis de endogamia (Fis) significativos com uma moderada diferenciação genética (Fst=0,059). O dendograma gerado exibiu uma estruturação dos planteis em três grupos, Grupo 1: Fortaleza (Fort) e Itaitinga (Itai), Grupo 2: Amanarí (Aman) e Horizonte (Hori), Grupo 3: Russas (Russ), confirmado pelo histórico dos planteis. O loco UNH104 apresentou o alelo 132 em 18 machos e em 10 fêmeas, sendo atribuída a presença do alelo 132 ao sexo masculino. Os genótipos correspondentes a este alelo mostraram ser associados ao macho na maioria das vezes, principalmente no estado de homozigose (132/132). Porém, as associações estatísticas realizadas pelo teste G mostraram que não houve diferença significativa (P=0,675) na diferenciação genotípica entre o sexo do macho e da fêmea. Para o camarão marinho, Amostras de tecidos foram obtidas de oito famílias com 10 indivíduos cada. Dos quinze marcadores testados, nove marcadores apresentaram em conjunto amplificações consistentes e sem formação de dímeros. No processo de validação dos marcadores, a maioria dos alelos identificados no sistema de PCR multiplex para a prole foram também identificados na comparação alélica com os seus devidos genitores. No entanto, em relação ao comportamento dos locos em geral, todos os marcadores utilizados apresentaram distorções na distribuição de genótipos em relação a proporção mendeliana esperada, revelando que nem todos os marcadores utilizados neste estudo foram suficientemente informativos na proporção de genótipos da prole aos seus respectivos parentais, necessitando um maior número de marcadores para o estudo.