Os biomas de Mata Atlântica e Cerrado possuem pontos de contato conhecidos como “áreas de transição”, as quais são altamente complexas por abrigarem elementos dos dois biomas e ainda elementos distintos, o que as tornam de alta relevância, devido à possibilidade de endemismos. O objetivo deste estudo foi descrever a helmintofauna associada à répteis de uma região caracterizada por bioma de transição, localizado na unidade de conservação da Reserva Particular do Patrimônio Natural (RPPN) Foz do Rio Aguapeí, porção Noroeste do Estado de São Paulo, município de Castilho. Foram necropsiados 88 espécimes de répteis, representados por cinco famílias de serpentes (Boidae, Colubridae, Dipsadidae, Typhlopidae e Viperidae), cinco de lagartos (Diploglossidae, Gymnophthalmidae, Mabuyidae, Teiidae e Tropiduridae), uma de crocodilianos (Alligatoridae) e uma de quelônio (Chelidae). A prevalência parasitária total observada foi de 57%. Vinte e sete taxa de helmintos foram recuperados: Acanthocephala (Cistacanto), Digenea (Cheloniodiplostomum testudinis, Infidum infidum, Infidum similis, Nematophila grandis, Telorchis birabeni, Travtrema stenocotyle e dois morfotipos não identificados), Monogenea (Polystomoides brasiliensis e Polystomoides sp.), Cestoda (Crepidobothrium cf. gerrardii, Oochoristica sp. e Ophiotaenia sp.) e Nematoda (Brevimulticaecum sp., Brevimulticaecum pintoi, Cistos, Cosmocerca podicipinus, Hastospiculum digiticaudatum, Ortleppascaris alata, Parapharyngodon largitor, Physaloptera sp., Physalopteroides sp., Rhabdias sp., Serpinema monospiculatus, Spiroxys figuereidoi e Strongyloides ophidae). Este estudo registra 25 novos hospedeiros para diferentes espécies de helmintos. Além de representar uma importante contribuição para o conhecimento da helmintofauna associada à répteis da América do Sul, aumentando o conhecimentos do parasitismo nesses hospedeiros da região neotropical.