A produção animal, em especial a suinocultura, possui papel fundamental no desenvolvimento agropecuário do Brasil. A forma mais usual de armazenamento dos dejetos, na maioria das granjas suinícolas da região sul do Brasil, são as esterqueiras ou lagoas de decantação. Microrganismos como Salmonella sp. e Escherichia coli, podem ser determinantes para desencadearem impactos na saúde única, deste modo, a resistência aos antimicrobianos é um grande desafio. O objetivo desse estudo foi avaliar a eficiência do processo de estabilização do dejeto líquido de suínos em unidades de armazenamento (lagoas de estabilização) quanto à presença de bactérias patogênicas e resistência a antibióticos em propriedades com suinocultura, localizadas no município de Presidente Castello Branco, Santa Catarina (SC), Brasil. O trabalho foi realizado em dois ensaios: na condição preconizada de manejo (ensaio 1) foi investigada a eficiência na redução de Salmonella sp. e E. coli em condições ideais de manejo e resistência dos isolados a antimicrobianos. Para tanto foram realizadas amostragens nas esterqueiras em três profundidades (0 -10, 10 – 20 e 20 – 30 cm) em dois intervalos de tempo, T0 e T60. Foram realizadas as análises de pesquisa qualitativa e quantitativa de Salmonella sp, assim como, a investigação de enterobactérias não E. coli (ENEC) e E. coli (EC). Para verificação dos perfis de resistência aos antibióticos, foram realizados antibiogramas por meio da técnica de disco-difusão. Para as condições reais de manejo (ensaio 2), foram utilizadas 9 unidades amostrais, coletadas no momento da distribuição e realizada pesquisa de enterobactérias. No ensaio 1 a redução das populações bacterianas quando avaliadas em relação ao intervalo de coletas (T0 e T60) para P <0,0001, apresentaram as seguintes correlações: ENEC = 0,54 e EC = 0,78. Isso demonstra que o indicador EC foi o mais confiável em termos de avaliação de eficiência de remoção de bactérias indicadoras no processo de estabilização do dejeto suíno. Não houve efeito da variação de profundidade sobre a quantificação de ENEC (P=0,8871) e EC (P=0,9817), nos intervalos estudados. Os antibiogramas demonstraram multirresistência bacteriana. Em condições reais de manejo (ensaio 2) foi observada forte correlação negativa entre CT e TRH (r = -0,87) e entre EC e TRH (r = -0,86), indicando que o tempo de retenção é fundamental para estabilização do dejeto, reduzindo o risco de contaminação ambiental por bactérias patogênicas quando da deposição em solo. A concentração média de coliformes fecais (EC) observada no experimento 1 foi de 1,29 x 102 UFC 100 mL-1 enquanto no ensaio 2 o valor médio foi de 4,1 x105 UFC 100 mL-1 refletindo a variação entre condições ideais e operacionais de campo em relação ao tempo de estabilização. O manejo do dejeto suíno quando realizado em desacordo com as normas sanitárias vigentes pode implicar em riscos de propagação de microrganismos patogênicos, da mesma forma que a resistência das bactérias aos antibióticos gera prejuízos à homeostase da saúde única.