Os Pestivírus são membros do gênero Pestivirus, família Flaviviridae e classificados em 11 espécies pelo ICTV (Pestivirus A ao K). Os Pestivirus são vírus com envelope esférico, com polaridade positiva de RNA de fita simples, genoma completo de 12,5 kb, sua ORF codifica uma poliproteína de 3.998 aminoácidos, com dois produtos genéticos únicos (Npro e Erns). Infecções causadas por Pestivirus A, B e H são similares. Pestivirus H já foi detectado por RT-PCR codificando os genes 5´UTR, Npro e E2 em sangue, soro e órgãos de bovinos, contudo, não há associação com sinais neurológicos. O presente trabalho descreve a primeira detecção de Pestivirus H em tecidos do sistema nervoso central de um bezerro com sinais clínicos neurológicos e suas características molecular, histológica e imunohistoquímica. O bezerro apresentava síndrome cerebelar e morreu 20 dias após a internação e foi necropsiado. Fragmentos de SNC, coração, fígado, rim, pulmão, intestino e baço foram submetidos a RT-PCR. Amostras de tecido do SNC e linfonodo mesentérico foram processadas para avaliação histopatológica e imunohistoquímica. Os fragmentos de rim, SNC e intestino foram positivos para a região 5'UTR, SNC e intestino foram positivos para a região Npro. Os melhores “amplicons” nos ensaios de RT-PCR, 5’UTR (SNC) e Npro (SNC e intestino) foram sequenciados e a sequência de nucleotídeos e a análise filogenética para a cepa 5'UTR exibiram 93,6 a 99,4%, 85%, 89,4 a 89,9% e 85,7% de identidade nt com as cepas de Pestivirus H subgrupo a, b, c e d, respectivamente, e 71,5 % e 75,6% de identidade nt com a cepa de Pestivirus A (NADL) e Pestivirus B (890), respectivamente. As cepas Npro mostraram 99,7% de identidade nt entre si e 90,2 a 96,5% de identidade nt com outras cepas de Pestivirus H e 67,3 a 67,5% e 66,3 a 66,5% de identidade nt com cepa de Pestivirus A (NADL) e Pestivirus B (890), respectivamente. As alterações histopatológicas incluíram necrose neuronal no cérebro, e necrose e degeneração de células Purkinje do cerebelo. Houve imunorreatividade para antígenos do BVDV no córtex cerebral, cérebro e medula espinhal. Este estudo fornece informações sobre o Pestivirus H em tecidos do SNC em bezerro com sinais neurológicos, sugerindo a inclusão do Pestivirus H na investigação etiológica de síndromes neurológicas.