Plano Acadêmico:
O Regimento Interno da Turma Especial de Doutorado em Modelagem Computacional (T2DIMC), a ser elaborado pela coordenação do PCI-Uerj/IPRJ/PPGMC, conterá, no mínimo, os seguintes requisitos:
- Os estudantes admitidos, para fazerem jus ao grau de doutor em Modelagem Computacional outorgado pela Uerj, deverão atender aos requisitos definidos no Regulamento Específico da PPGMC/IPRJ/Uerj, autorizado e promulgado pela Deliberação 25/2015/Uerj, disponível na página indicada. (http://www.iprj.uerj.br/images/arquivos/MC/Delibera%C3%A7%C3%A3o_PPGMC_25-2015.pdf )
- Adicionalmente, recomenda-se que os estudantes cursem as disciplinas que serão oferecidas no primeiro período letivo:
IPR018209 - Métodos Matemáticos
IPR017202 - Estudo Orientado I -"Técnicas básicas de Modelagem Computacional I", cuja ementa será definida pela coordenação do PCI-PPGMC/IPRJ/Uerj e englobará tópicos de Técnicas Computacionais e Métodos Numéricos.
IPR017203 Estudo Orientado II - "Técnicas básicas de Modelagem Computacional II", cuja ementa será definida pela coordenação do PCI-PPGMC/IPRJ/Uerj e englobará tópicos de Técnicas Computacionais e Álgebra Linear.
- As disciplinas IPR017202 - Estudo Orientado I -"Técnicas básicas de Modelagem Computacional I", e IPR017203 - Estudo Orientado II -"Técnicas básicas de Modelagem Computacional II", são disciplinas do mestrado do PPGMC e não servirão para perfazer o número total de créditos exigidos no Art. 26 do Anexo I, Regulamento Específico do PPGMC, previstos na Deliberação 25/2015/Uerj.
- Cada estudante será acompanhado academicamente, durante o primeiro semestre da T2DIMC por um tutor do quadro docente do PPGMC-Uerj com apoio de um docente do PPGMC-Uesc. Esta tutoria visa reforçar o vínculo dos estudantes com os professores para acelerar o processo de escolha do futuro orientador. Os coordenadores do PCI-Uerj/PPGMC-Uesc farão esta indicação considerando a afinidade dos currículos docentes-discentes, abrangendo tantos docentes credenciados quando possíveis, evitando concentrar os tutores em poucos docentes, para mais eficiente atendimento ao que preconiza o Art. 3o da referida Portaria da Capes.
- Se buscará que a definição de orientadores, projeto e linha de pesquisa dos estudantes da T2DIMC estejam concluídos antes do final do primeiro semestre da turma. Se buscará evitar a concentração de orientação em poucos professores orientadores, de forma a aumentar a diversidade de formação, evitando os riscos de endogenia na formação de doutores, e um desequilíbrio no quadro de orientações do PPGMC-Uerj, bem como garantir a viabilidade da oferta da T2DIMC. Portanto, se buscará que haja um limite de dois orientados da T2DIMC por professor do PPGMC/IPRJ/Uerj.
- As orientações dos estudantes da T2DIMC serão realizadas por professores permanentes e colaboradores do PPGMC/IPRJ/Uerj, com produção científica compatível com o conceito Capes do PPGMC/IPRJ/Uerj, admitindo-se, para efeitos de registro na Plataforma Sucupira, a possível co-orientação por docentes do IPRJ, do PPGMC/Uesc, ou conforme o estabelecido pelo Regulamento Específico do PPGMC/IPRJ/Uerj, previamente analisadas e aprovadas pela coordenação do PCI-PPGMC/IPRJ/Uerj, e homologadas pela Comissão do PPGMC.
- A oferta de disciplinas nos semestres subsequentes está condicionada à definição dos orientadores e aos projetos de pesquisa.
- As atividades letivas regulares realizadas pelos estudantes da T2DIMC na Uesc poderão ser utilizadas para efeitos de contabilização do Estágio Docente previsto no Regulamento Específico do PPGMC. Atividades letivas de outros estudantes da T2DIMC não vinculados à Uesc, poderão ser consideradas, para efeitos de contabilização do Estágio Docente.
- Os estudantes da T2DIMC serão incentivados a fazer apresentações públicas com temas ligados à Modelagem Computacional nas duas “Semana de Modelagem Computacional”, eventos científicos previstos para serem realizados presencialmente nos quarto e sexto semestres do projeto; cada evento será sediado por uma das instituições partícipes, no âmbito do Art. 8o, inciso II da Portaria Capes 243/2019. A realização da atividade Seminário de Doutorado para os estudantes da T2DIMC será marcada para a primeira Semana de Modelagem Computacional, na Uesc, e a Defesa de Projeto de Tese será marcada para a segunda Semana de Modelagem Computacional, no IPRJ/Uerj.
O presente PCI é uma ação inovadora onde um programa interdisciplinar consolidado realiza uma ação continuada de solidariedade científica, uma vez que o Programa de Modelagem Computacional em Ciência e Tecnologia da UESC (PPGMC/IPRJ/Uesc) foi criado por um grupo considerável de egressos do PPGMC/IPRJ/Uerj e este grupo participou ativamente das tratativas e da elaboração deste projeto, com objetivo de capacitar novos doutores na UESC e incrementar a produção dos docentes do PPGMC/IPRJ/Uesc com a colaboração neste PCI.
Infraestrutura Disponível na Instituição Receptora:
Laboratório para pesquisa - recursos disponíveis:
--CCAM, Centro de Computação Avançada e Multidisciplinar. A partir de 2020, o Núcleo de Biologia Computacional e Gestão de Informações Biotecnológicas (NBCGIB) passou a se chamar Centro de Computação Avançada e Multidisciplinar (CCAM). Em sua nova fase o CCAM abraça o conceito de e Science, que é o termo conhecido mundialmente para toda a gama de pesquisas realizadas que têm necessidade de lidar com grandes volumes de dados independente da área do conhecimento, e que usa métodos computacionais e computação de alto desempenho. As pesquisas em e Science abordam desde a criação das ferramentas, formulação dos problemas de pesquisa, modelagem, simulação, a divulgação e o reuso dos resultados da pesquisa.
Ao longo dos 13 anos de existência, o NBCGIB demonstrou grande tradição em pesquisa, proporcionando a tecnologia necessária para o desenvolvimento de trabalhos acadêmicos nas diversas áreas do conhecimento, abrangendo discentes de graduação e pós-graduação da UESC e de diversas universidades nacionais e internacionais. Acompanhando a evolução tecnológica e a necessidade de adequação à legislação vigente, o NBCGIB é reconhecido como um Centro Multiusuário, que inaugura sua nova fase como o Centro de Computação Avançada e Multidisciplinar da Universidade Estadual de Santa Cruz.
Nesta nova fase, agora como CCAM, o centro adéqua o nome aos seus objetivos, que são:
● apoiar as atividades de pesquisa e desenvolvimento que necessitem a utilização de computação intensiva, usualmente paralela, e/ou grande volume de dados pertinentes às mais diversas áreas do conhecimento;
● prover o uso compartilhado da sua infraestrutura de pesquisa e de serviços computacionais de alto desempenho, em consonância com suas finalidades e acessíveis às comunidades científica, tecnológica e empresarial;
● participar na capacitação e aperfeiçoamento de pesquisadores e profissionais em Computação Científica Avançada com elevado grau de qualificação e perfil interdisciplinar, em nível de pós-graduação e graduação;
● oferecer apoio às atividades técnico-administrativas e projetos institucionais da UESC, sendo com o suporte e hospedagem de serviços computacionais avançados para divulgação das pesquisas científicas realizadas com a participação do CCAM ou a capacitação de recursos humanos nas áreas pertinentes ao centro;
● contribuir para o bem estar e o progresso científico, cultural e econômico da sociedade.
--CACAU, Centro de Armazenamento de Dados e Computação Avançada da UESC. Tem como meta permitir a realização de cálculos seriais ou paralelos, a estruturação da produção científica em banco de dados e fornecer suporte computacional para os diferentes grupos de pesquisa e cursos de pós-graduação da UESC.
O conjunto de equipamentos que compõem a estrutura encontra-se fisicamente instalado em um único rack e unidade de distribuição de energia (Power Distribution Unit – PDU). A arquitetura do conjunto de equipamento BULL-HPC é constituída por 23 nós de cálculo ou processamento e 4 servidores:
● 20 (vinte) nós de processamento, cada um com 2 (dois) processadores Intel Xeon QuadCore E5430 – 2.66GHz 13333 MHz – 12 Mbytes L2 Cache por processador – 32 Gbytes RAM (2Gbytes/core), 1 HDD 160 Gbytes (SATA2). Totalizando 160 (cento e sessenta) núcleos (cores) e desempenho estimado de 1.7 Teraflops em ponto flutuante.
● 3 (três) nós de processamento bullx B515, cada um com 2 (dois) processadores Intel® Xeon® E5-2400 – 2.40 GHz 1333 MHz – 15 Mbytes L3 Cache por processador – 48 Gbytes RAM (4Gbytes/processador), 1 HDD 500 Gbytes. Cada nó de processamento possui 2 (duas) placas gráficas (Graphics Processing Unit - GPUs) para processamento de alto desempenho Nvidia Tesla K20, cada uma com 5 Gbytes RAM e 2496 processadores CUDA. Totalizando 36 núcleos (cores) nas CPUs e 7488 núcleos (cores) nas GPUs e desempenho estimado de 7.3 Teraflops em ponto flutuante. Este módulo de processamento de alto desempenho utilizando placas gráficas foi instalado em março de 2014.
● servidor de gerenciamento (Management) com 2 processadores Intel Xeon QuadCore 5405 8Gbytes RAM – 2HD 160 Gbytes (SATA2)
● servidor de sistema de arquivos (File system) com 2 processadores Intel XeonQuadCore 5405 12 Gbytes RAM – 2HD 160 Gbytes (SATA2)
● servidor de correio eletrônico (Mail Server) com 2 processadores Intel XeonQuadCore 5405 12 GBytes RAM – 2HD 146 Gbytes (SATA2)
● servidor Firewall com Processador Intel Xeon QuadCore X3220 – 2 Gbytes RAM – 2HDDs 250 Gbytes (SATA)
● Storage EMC Clariion AX4 – 20 HDD de 400 Gbytes (SAS) totalizando 8 Terabytes de espaço em disco, conectado aos servidores de gerenciamento e de sistema de arquivos através de conexões FiberChannel 4 GB/por segundo.
● Switch Foundry FLS624 – 24 portas
● Switch INFINIBAND – Voltarie ISR 9024D-M, 24 portas 4x DDR
Compõem ainda a estrutura:
● Servidor de autenticação e arquivos: Supermicro, 2 x Intel(R) Xeon(R) CPU E5520, 16GB RAM, 1x HD Sata 220GB, 1 x HD Sata 4TB
● Servidor Web: Hp Proliant, 2 x Intel(R) Xeon(R) CPU E5645 , 22GB RAM, 1 x HD Sata 125GB
● 2 servidores de backup AMD FX(tm)-4100 Quad-Core Processor, 3GB RAM, 3 x HD SATA 4TB
● 3 Switch, sendo 1 Cisco Catalyst 2940, 48 portas 10/100, 2 portas 100/1000 e 2 Encore ENH924, 48 portas 10/100, 2 portas 100/1000
● Access Point: Cisco Aironet 1100
● 5 Estações de Trabalho AMD FX(tm)-4100 Quad-Core Processor, 3GB RAM, 1x HD Sata 500GB
● 5 Estações de Trabalho Intel(R) Core(TM) i3-8100 , 8GB RAM, 1 x HD Sata 500GB
A solução também inclui softwares específicos para lidar com computação de alto desempenho HPC (compiladores Intel e GCC, Gerenciadores de fila PBS-Pro e Torque, além de softwares específicos GridMathematica (R), OpenFOAM (R), Gaussian (R) e COMSOL Multiphysics (R)) e sistemas de banco de dados Oracle, MySQL).
-Laboratório de Computação Científica da UESC (LCC-UESC), ou Laboratório de Matemática Aplicada e Computacional (LaMAC), atualmente sob coordenação do profs. Dany Sanchez Dominguez e Martha Ximena Delgado. Oferece a infraestrutura computacional necessária à obtenção de soluções que demandem elevado esforço computacional, viabilizando a solução numérica de problemas complexos, tratamento de problemas relativos ao estudo, compreensão e análise quanto a discretização de meios contínuos, problemas de elevado número de graus de liberdade, visualização científica, desenvolvimento de modelos e protótipos virtuais, processamento de imagens de alta definição, elaboração de diagramas representativos de solução de problemas complexos. Instalado em sala de 30 m2, anexa ao NBCGIB com o qual compartilha recursos computacionais como rede e servidores, o LaMAC possui 8 estações de trabalho numéricas e de visualização gráficas; 2 impressoras; 1 servidor de aplicações com dois processadores Intel Xeon Quadcore, 16 GB de memória RAM e 2 TB de HD; e 1 cluster com 5 nós de cálculo bi processados Intel Xeon. Estes recursos estão sendo utilizados atualmente por pesquisadores e alunos vinculados ao Grupo de Pesquisa em Matemática Aplicada e Computacional, GPMAC, para dar suporte em diferentes projetos de pesquisa, de iniciação científica e de projetos vinculados ao PPGMC.
--CPqCTR, Centro de Pesquisas em Ciências e Tecnologia das Radiações-CPqCTR. Inaugurada em setembro de 2007, com recursos da FAPESB e do Estado da Bahia (total de R$ 450.000,00), com área construída de 300 m2, que inclui 06 Laboratórios de Pesquisas e salas de apoio: Laboratório de Computação e Modelagem, Laboratório de Radiologia, Laboratório de Tecnologias Nucleares Aplicadas, Laboratório de Metrologia das Radiações, Laboratório de Pesquisas Ambientais, Laboratório de Ultrassom, Auditório. Estes laboratórios contam com: Equipamento Radiológico Médico RX 120Kv RAEX300D e acessórios; equipamento Radiológico Odontológico SPECTRA 70X. Dabi Atlante; Reveladora de filmes radiográficos VS36 Vision Line e acessórios; Kit de Medidas de dosimetria:02 Monitores de radiação RADCAL 9015, 01 Medidor Geiger-Mueller Victoreen Thyac IV 290, Phantoms diversos (tórax, mamografia, tomografia), Conjuntos de filtros; Kit de medidas de Controle de qualidade de radiologia: 02 Equipamentos multitest Victoreen 4000M+ para RX, 01 Sensitômetro Nuc. Ass. Dual Color 417, 01 Densitômetro Nuc Ass. Hand Held 443, 02 negastoscópios; Kit de Transdutores e sensores de ultrassom.: HIFU High intensity focused ceramictransducer 1MHz 80w, Agilent Function generator and E amplifier 33250 A, 02 PVDF focussed transducer centre frequency 15MHz, 25MHz,Power Meter 1-3 MHz; Kit de deteção e processamento de radiações: 02 Placas de Aquisição de dados Accuspect NaI Plus CANBERRA com pré-amplificador e fonte de alta tensão, 2048 canais (2K), 02 Placas multiscaler FMS CANBERRA 8192 canais (8K), Cintiladores Plásticos cilíndricos, 02 sistemas de detecção para ser usado em medidas de campo com tubo fotomultiplicador, para ser acoplado a guias de luz. Módulo de amplificação, módulo dual discriminador, 02 módulos de alta tensão, pré-amplificadores CANBERRA para detetores de cintilação e para detetores BF3. Cintilador de Iodeto de lítio, LiI (Eu) para detecção de nêutrons térmicos, Cabos e conectores BNC. Estes recursos estão sendo utilizados atualmente por pesquisadores e alunos vinculados ao Grupo de Pesquisa em Física Nuclear Básica Aplicada da UESC, ao Núcleo de Física Médica e Ambiental da UESC, ao GPMAC, ao Programa de pós-graduação em Física, e ao Programa de Pós-graduação em Modelagem Computacional em Ciência e Tecnologia (PPGMC) para dar suporte em diferentes projetos de pesquisa e de iniciação científica.
Laboratório para pesquisa e ensino - recursos disponíveis:
-- Laboratório Regional em Modelagem Computacional e Aplicações: laboratório inaugurado em 2014 com apoio da Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado da Bahia (FAPESB) e da própria universidade. Localiza-se junto à coordenação do curso em uma sala de 30 m2, conta com 12 estações de trabalho, impressora, note-breaks, rede física e sem fio, conexão a internet e climatização apropriada. Inclui pacotes de software dedicados especialmente a tarefas de modelagem computacional como o COMSOL, Matlab, SciLab e ANSYS CFX (versão estudante). Estes recursos são utilizados preferencialmente para atividades de ensino e pesquisa do PPGMC, podendo ser compartilhados em função da demanda com outros cursos de pós-graduação da UESC.
Os discentes e docentes da PPGMC contam com três laboratórios de informática e um supercomputador que podem ser utilizados nas atividades de pesquisas e ensino. A seguir um detalhamento dos recursos disponíveis:
--Laboratório de Computação Científica da UESC (LCC-UESC), área física de 20 m2, equipado com 8 computadores de última geração, 2 impressoras, conexão à internet, telefone, climatização e minibiblioteca. A minibiblioteca inclui 38 títulos da área de modelagem computacional e computação de alto desempenho em geral. Este laboratório foi equipado com recursos da FAPESB (equipamentos) e da própria universidade (espaço físico e mobília).
-- Laboratório Regional de Modelagem Computacional e Aplicações (Laboratório de Pesquisa e Ensino da PPGMC). Salientamos que este laboratório foi implantado com recursos da FAPESB mediante o edital 10/2013 - Programa de Infraestrutura de Pesquisa com finalização do projeto prevista para 09/2015 e com recursos da própria universidade. Área física de 20 m2, equipado com 16 computadores de última geração, 1 impressora, conexão à internet, Datashow, tela de projeção, e climatização.
-- Laboratório de Desenvolvimento do Núcleo de Biologia Computacional e Gestão de Informações Biotecnológicas (LD-NBCGIB), conta com uma área física de 35m2, e está equipado com 10 computadores e outras facilidades. Em particular este núcleo (NBCGIB) foi construído e implantado com recursos da FINEP, tendo como contrapartida recursos da UESC.
Consideramos que os recursos informáticos disponíveis aos discentes e docentes garantem correto funcionamento do curso de mestrado. Não existindo nenhum entrave desde o ponto de vista de infraestrutura informática para o desenvolvimento das pesquisas associadas ao programa.
A Biblioteca da UESC é uma unidade relativamente nova e em plena expansão. Possui uma estrutura moderna e bem equipada, apresentando uma gama de serviços informatizados, entre eles: o empréstimo domiciliar, o programa de computação bibliográfica, o jornal da Biblioteca (Informática) e o serviço de catalogação cooperativa. A biblioteca está ligada a rede mundial de computadores e suporta acesso ao Portal CAPES e a diversos bancos de dados de periódicos. Todos estes serviços visam o acesso, o compartilhamento e a disseminação do conhecimento científico e tecnológico em níveis compatíveis com as necessidades dos usuários, servindo de apoio ao ensino, à pesquisa e à extensão.
O setor conta atualmente com um acervo de aproximadamente 90.000 volumes e 40.000 fascículos de periódicos científicos, nacionais e internacionais, e acesso a bases de dados diversas. Figura-se como política da administração da Universidade a sistemática ampliação deste acervo. Entre as redes de compartilhamento de informação, encontramos o Portal de Periódicos da CAPES, a Rede Antares (Provedora de Informação em Ciência e Tecnologia) a rede Bibliodata-CALCO (gerenciada pela Fundação Getúlio Vargas), a Biblioteca Nacional (convênio de cooperação técnica), e o BIREME (Serviço Cooperativo do Sistema Latino-americano e do Caribe de Informação), sistemas estes que oferecem acesso as bases de dados online, em CDRom e via internet.
A Biblioteca da UESC dispõe ainda da Seção de Multimeios, com mais de 3000 títulos entre fitas de vídeo educativas e material científico-tecnológico, além da sala de palestras e seminários com todos os meios de apresentação disponíveis. O acesso ao portal CAPES está disponível desde qualquer computador na rede interna da UESC e também através do PROXY disponível, via a rede do NBCGIB, para pesquisadores e alunos que se encontram fora da instituição.
A UESC está filiada a CAFe - Comunidade Acadêmica Federada que permite o uso do portal de periódicos da CAPES aos discentes do programa fora da Universidade. O acesso da Comunidade Acadêmica Federada também permite acesso aos serviços da RNP onde destacamos o de webconferência.
As dependências do PPGMC-UESC encontram-se no 1o andar do Pavilhão Waldir Pires, distribuídas em 4 salas que em seu conjunto ocupam aproximadamente 100 m2. Destas, uma sala é dedicada à coordenação do curso, contando com sala de reuniões/convivência, secretaria e gabinete do coordenador. Uma sala está associada ao laboratório de informática e duas funcionam como salas de aula e estudo. As salas de aulas em função da demanda podem ser compartilhadas com outros programas de pós-graduação da UESC.
A área física da UESC abrange seis pavilhões de aulas e de salas de docentes, além das instalações administrativas de departamentos e coordenações de cursos. A estrutura organizacional da UESC é binária com os departamentos e programas de pós-graduação diretamente subordinados à Reitoria. Assim, prescinde-se de Institutos e faculdades. Como resultado, há um pavilhão central, Torre Administrativa, concentrando a Administração Central: Reitoria, Vice-Reitoria e Pró-Reitorias. Nesta edificação encontram-se também alguns núcleos de suporte a aspectos relativos à pesquisa, como o Núcleo de Inovação Tecnológica. Há também edifícios no campus especificamente destinados a centros ou núcleos de pesquisa e de extensão (como o caso do CCAM e do CPqCTR).
Em 2020 chegaram novos equipamentos oriundos do projeto Institucional “Equipamentos multiusuários para os Programas de Pós-graduação em Modelagem Computacional em Ciência e Tecnologia e Botânica, da UESC - Visualização Científica do Micro ao Macro” aprovado em edital Pró-Equipamentos/CAPES com a seguinte especificação:
Servidor de Visualização científica
● 1x 4U Reversible Rack/Tower Server (2x Intel Silver 4214 12C/24T, 768GB RAM, 8x 16TB SAS HDD, 512GB NVMe, 2x 128GB SATADOM, 2x NVIDIA Quadro RTX 5000 16GB, 2x10GbE GBase-T onboard, 2x10GbE SFP+ via X710-DA2, 2200W redundant supplies)
Scanner 3D
● 1x EinScan Pro 2X Plus Reverse Engineering Design Bundle for Data Acquisition
Conectividade
● 1x X710-DA2 Dual-Port 10GbE SFP+ Intel Ethernet Converged Network Adapter
● 6x 10GbE SFP+ 2m cables
Além da infraestrutura apresentada estão sendo realizadas parcerias com outras IES, como por exemplo o CEPEDI (CENTRO DE PESQUISA E DESENVOLVIMENTO TECNOLÓGICO EM INFORMÁTICA E ELETROELETRÔNICA DE ILHÉUS ) que disponibilizará salas exclusivas para as atividades do programa, a princípio enquanto durarem as restrições de biossegurança impostas pela pandemia SARS-Cov-2.